K-mer特征提取one-hot编码

定义K-mer函数，把序列转换成密码子形式

def Kmers_funct(seq): X = [None]*len(seq)    #若数据只有一个序列，可不用此定义for i in range(len(seq)):  #若数据只有一个序列，可不用此循环a = seq[i]t=0l=[]for index in range(len(a)):t=a[index:index+3]if (len(t))==3:l.append(t)X[i] = lreturn np.array(X)  #具体看返回需要，也可直接：return X

调用Kmers_funct函数

X = Kmers_funct(x)

数据去重复

lists_X = np.unique(X)  #去除重复数据
print(lists_X)  #去除重复数据后的数据
print(len(lists_X))  #去除重复数据后的数据长度

将Kmers_funct提取后的数据编码为one-hot

def encode_matrix(seq_matrix):seq_X = [None]*len(seq_matrix)  #若数据只有一个序列，可不用此定义for j in range(len(seq_matrix)):  #若数据只有一个序列，可不用此循环data = seq_matrix[j]ind_to_char = lists_X# 定义字符到整数的映射char_to_int = dict((c, i) for i, c in enumerate(ind_to_char))  #枚举int_to_char = dict((i, c) for i, c in enumerate(ind_to_char))#整数编码integer_encoded = [char_to_int[char] for char in data]#one-hot编码onehot_encoded = list()for value in integer_encoded:letter = [0 for _ in range(len(ind_to_char))]  #one-hot编码长度=去除重复后所剩余数据的个数letter[value] = 1onehot_encoded.append(letter)seq_X[j] = onehot_encodedreturn seq_X

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