(单细胞-SingleCell）单细胞可变剪切流程（一）

构建`STAR`的索引

# 使用10X的参考数据构建star索引
STAR \--runMode genomeGenerate \-- runThreadN 28 \--genomeDir ~/bioreference/index/10x-star \--genomeFastaFiles ~/bioreference/10x/grch38_10x/fasta/genome.fa \--sjdbGTFfile ~/bioreference/10x/grch38_10x/genes/genes.gtf

进行`STAR`流程

将以下代码写入scSTAR.sh脚本中

# Global variable
#########################################################
source activate rna
#########################################################
start=$(date +%s) #脚本启始时间
echo "脚本开始执行"
echo "开始时间："`date`
#########################################################
# Main program
SraPath=/mnt/d/datasets/GSE108383/GSE108383
GenomeRef=~/bioreference/index/10x-star
fa=/mnt/d/datasets/GSE108383/GSE108383
OutPath=~/GSE108383
# STAR workflow
ls $SraPath |while read id
do
x=$(echo $id | cut -b1-10)
echo $x
STAR --runThreadN 20 --genomeDir $GenomeRef \--readFilesCommand zcat \--readFilesIn ${fa}/$x.fastq.gz \--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \--outFileNamePrefix ${OutPath}/${x}_star
done
conda deactivate
#########################################################
end=$(date +%s) #脚本终止时间
take=$(( end - start ))
h=$(( take / 3600 ))
m=$((( take - 3600 * h ) / 60 ))
s=$((( take - 3600 * h - 60 * m )))
echo 脚本运行完毕，用时 ${h} 小时 ${m} 分钟 ${s} 秒
echo "结束时间："`date`
say "The program has finished running"
#########################################################

然后走`stringtie`流程

将以下代码写入stringtie.sh脚本中

注意，改代码要在上个文件的输出文件夹中运行

# Global variable
#########################################################
#########################################################
start=$(date +%s) #脚本启始时间
echo "脚本开始执行"
echo "开始时间："`date`
#########################################################
# Main program
stringtie=~/biosoft/stringtie-2.1.4.Linux_x86_64/stringtie
GTF=~/bioreference/10x/grch38_10x/genes/genes.gtf
OutPath=IsoformQuantification
bam=/home/yuansh/GSE108383
# stringtie workflow
ls $bam | grep 'bam' | while read id
do
x=$(echo $id | cut -b1-10)
echo $x
$stringtie -eB -G $GTF -o $OutPath/long_reads.out.gtf ${x}_starAligned.sortedByCoord.out.bam
done
#########################################################
end=$(date +%s) #脚本终止时间
take=$(( end - start ))
h=$(( take / 3600 ))
m=$((( take - 3600 * h ) / 60 ))
s=$((( take - 3600 * h - 60 * m )))
echo 脚本运行完毕，用时 ${h} 小时 ${m} 分钟 ${s} 秒
echo "结束时间："`date`
say "The program has finished running"
#########################################################

然后生成csv文件

# 然后生成csv文件
python ~/biosoft/stringtie-2.1.4.Linux_x86_64/prepDE.py

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Best Regards,
Yuan.SH
---------------------------------------
School of Basic Medical Sciences,
Fujian Medical University,
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