iqtree+ggtree绘制进化树教程
写在前面
最近,自己在绘制进化树的分析,那么自己也总结一下相关的教程吧。对于进化树绘制的教程全网依旧是很多的。自己作为初学者,也是根据这些教程来学习,来做分析。做物种或基因的进化树,软件很多,目前很多可视化的软件都可以实现,功能很强大。
在上期内容中,我们分享了使用HMMER来筛选同源基因,我们获得基因家族后,那么进化树绘制是必须的。这就是文章的套路问题,这些文章,真的是一看就懂,一做就做不出来,唉…
这期教程,我们使用iqtree
+ggtree
来完成进化树的绘制。
iqtree获得树文件
所需软件
- mafft
- iqtree
mafft安装
我是使用服务器中运行的,安装可以使用conda
- iqtree
conda install mafft
iqtree官网
http://www.iqtree.org/
iqtree功能很强大,大家可以自己软件的官方文档。
安装
conda install iqtree
软件安转好后直接运行即可。
序列准备
进化树序列可以使用蛋白序列或核酸序列即可,格式按其准备即可。
>B2LU34
MTSIAFWNAFTVNPFPAAARRSPPPLTPFTSGALSPARKPRILEISHPRTLPSFRVQAIAEDEWESEKKALKGVVGSVAL
AEDETTGADLVVSDLKKKLIDQLFGTDRGLKATSETRAEVNELITQLEAKNPNPAPTEALSLLNGRWILAYTSFAGLFPL
LGAESLQQLLKVDEISQTIDSEGFTVQNSVRFVGPFSSTSVTTNAKFEVRSPKRVQIKFEEGIIGTPQLTDSIVIPDKFE
FFGQNIDLSPFKGVISSLQDTASSVAKTISSQPPIKFPISNSNAQSWLLTTYLDDELRISRADGGSVFVLIKEGSPLLT
>B4F6G1
MTSIAFCNAFTVNPFLAAARRSPPPLTPLTSVALSPARKPRILAIFHPRTFPSFRVQAIAEDEWESEKKTLKGVVGSVAL
AEDEKTGADLVVSDLKKKLIDQLFGTDRGLKATSETRAEVNELITQLEAKNPNPAPTEALSLLNGKWILAYTSFVGLFPL
LGAESLQQLLKVDEISQTIDSEGFTVQNSVRFVGPFSSTSVTTNAKFEVRSPKRVQIKFEEGIIGTPQLTDSIVIPDKVE
FFGQNIDLSPFKGVISSLQDTASSVAKTISSQPPIKFPISNSNAQSWLLTTYLDDELRISRADGGSVFVLILESSPLLT
>O49629
MATVQLSTQFSCQTRVSISPNSKSISKPPFLVPVTSIIHRPMISTGGIAVSPRRVFKVRATDTGEIGSALLAAEEAIEDV
EETERLKRSLVDSLYGTDRGLSASSETRAEIGDLITQLESKNPTPAPTEALFLLNGKWILAYTSFVNLFPLLSRGIVPLI
KVDEISQTIDSDNFTVQNSVRFAGPLGTNSISTNAKFEIRSPKRVQIKFEQGVIGTPQLTDSIEIPEYVEVLGQKIDLNP
IRGLLTSVQDTASSVARTISSQPPLKFSLPADNAQSWLLTTYLDKDIRISRGDGGSVFVLIKEGSPLLNP
mafft比对
使用mafft将序列对齐。
mafft test.fa > test.aligend.fa
我们获得对齐后的数据格式。
iqtree构建树
iqtree -s test.aligend.fa -m MFP -bnni -nt AUTO -cmax 15 -redo -bb 1000
关于iqtree的使用,可以看这篇教程IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树,讲的很详细。
必须参数:
-s 输入多序列比对文件
-nt 多线程,AUTO是自动多线程
-bb 1000 指定了要用快速BS法做1000次
最终,我们可以获得一下结果文件。
ggtree绘制进化树
这里,我们使用基迪奥的教程,如何绘制添加分类色块的进化树?,这个教程也是讲解得很详细。
注意:我们这里使用iqtree输出文件test.aligend.fa.treefile
作为输入文件。
#载入相关的R包;
library(ggtree)
library(treeio)
library(ggplot2)
#读入newick格式的进化树文件;
tr = read.newick("test.aligend.fa.treefile")
ggtree(tr)
#为进化树添加叶标签;
p1 <- p0 + geom_tiplab(size=2,color="grey10")
p1
#为进化树添加圆形顶点;
p2 <- p0+ geom_tiplab(size=2,offset=0.03, color="grey10")+
geom_tippoint(color="#6bc72b",fill="#6bc72b",
alpha=0.4, size=3,shape=21)
p2
后面的教程参数调整,按着教程即可如何绘制添加分类色块的进化树?
往期文章推荐:
- 转录组分析教程
小白学生信 | 转录组上游分析教程
- 转录组分析教程
1. 最全WGCNA教程(替换数据即可出全部结果与图形)
WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一
WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二
WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三
- 2. 精美图形绘制教程
精美图形绘制教程
话说公众号需要标星,这样公众号的内容你才不会错过。那么,我们也动手标一下吧。
小杜的生信筆記,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!
本文由mdnice多平台发布
iqtree+ggtree绘制进化树教程相关推荐
- 五彩进化树与热图更配-ggtree美颜进化树(宏基因组扩增子)
Y叔创建的R包--ggtree,进化树美化神器. 软件原文G Yu, DK Smith, H Zhu, Y Guan, TTY Lam. ggtree: an R package for visual ...
- ggtree美颜进化树-宏基因组扩增子
上周四转载了微生态的<一文读懂进化树>,五天阅读人数已经2500+,而且有还多人留言求美化教程,今天将发放福利第一弹,Y叔创建的R包--ggtree,进化树美化神器. 软件原文G Yu, ...
- 用python画玫瑰花教程-利用Python的turtle库绘制玫瑰教程
用Python的turtle库绘图是很简单的,闲来无事就画了一个玫瑰花,下面奉上源码.... 源码: ''' Created on Nov 18, 2017 @author: QiZhao ''' i ...
- python太阳花代码_python太阳花绘制代码教程
python太阳花绘制代码教程内容摘要 python太阳花绘制代码教程什么意思您好可以在手机里设置,苏州心理学教程,读书的.读书笔记写作方法读书笔记一般分为摘录.提纲.批注.心得几种,主播教程内容,读 ...
- autocad2007二维图画法_CAD二维图形绘制的教程
一般来说,大家使用CAD绘制的图形都是二维的,这些二维图形其实不难.接下来就是学习啦小编精心整理的一些关于CAD二维图形绘制的教程的相关资料,供你参考. CAD二维图形绘制的教程 1.绘图菜单绘图菜单 ...
- ithoughts怎么自定义样式_iThoughts 5怎么绘制流程图 绘制流程图教程
iThoughts 5怎么绘制流程图?iThoughts 5是一款思维导图软件,可以把你的点子.创意.会议记录等内容以树状图的形式的显示出来,整体上更加直观.有许多朋友还不知道怎么用iThoughts ...
- python画蜡烛致敬烈士_python 绘制蜡烛图 PS软件绘制蜡烛教程
[ ee21.cn - ps鼠绘 ] PS软件绘制蜡烛教程 最终效果! 1.开始了,先描外形,用渐变填充-- 如图1 图1 2.大致勾出颜色较深的部位 如图2 图2 PS软件绘制蜡烛教程(2) 3.转 ...
- InkScape绘制LOGO教程 渐变色
InkScape绘制LOGO教程 logo绘制教程 1.打开InkScape,点击" 视图 "–勾选" 页面网格 ",按住" Shift+ctrl+D ...
- InkScape绘制LOGO教程
InkScape绘制LOGO教程 InkScape简介 小鹿茶绘制教程 成品展示图 本次教程借用网上logo小鹿茶展示 InkScape简介 Inkscape是一款开源的矢量图像编辑软件,它支持包括形 ...
最新文章
- linux内核oom,linux OOM killer分析
- java加密 des
- 运行NER/formal_bert_lstm_crf.py“ 报错ModuleNotFoundError: No module named ‘keras_contrib‘
- haproxy+keepalived应用实战
- 学了这些技术就能轻松找到一份待遇不错的岗位
- HDU - 4738 Caocao's Bridges(边双缩点)
- java传.net datetime_.net调java写的webService传过去的datetime,int等非string类型为null的问题...
- Flask爱家租房--订单支付(支付过程)
- 【AI视野·今日CV 计算机视觉论文速览 第238期】Fri, 1 Oct 2021
- nginx curl linux,linux nginx 下通过curl url方式,符以后的参数无效
- Name or service not know
- PyTorch源码解读之torch.utils.data.DataLoader
- 用数据告诉你:中国最网红的城市在哪里
- mobileconfig使用发布者证书动态签名
- excel打开2个独立窗口_66㎡ 的公寓,竟能安排下 2个卧室和独立马桶间?
- SIMD<SIMT<SMT: NVIDIA GPU的并行机制
- Intellij IDEA的教程资料
- 铁威马F2-210配西数红盘,不仅是NAS那么简单
- C#控制台实现飞行棋小游戏
- 硬盘数据恢复的方法有哪些?这五种恢复方法你知道吗