Galahad tutorial与虚拟筛选--sybyl

Galahad tutorial与虚拟筛选

来源：

Sybyl说明书

1 打开：Sybyl-x2.0;

2 点击：“Options”----“Set”----“Default Directory”,设置保存路径；

3 点击：“Applications”----“Pharmacophore”----“GALAHAD”;

4 在GALAHAD表单里进行以下操作：

4.1 Spreadsheet Source点击“…”，在Single Conformer Input 选择“SLN File”，打开“krystek.hits”,点击“Return”返回GALAHAD表单；

4.2 在krystek表单按住CTRL选择1,3,5,7,9,11,13行;（可全选分子，但计算会耗时较长且创建药效团模型也无需太多分子，因此随机选择7个）

4.3 在GALAHAD表单中间位置点击“Suggest from Data”，然后将Mols.Required ti Hit改为“6”；

4.4 在GALAHAD表单右上角Activity Col选择“PIC50”；

4.5 检查Align Molecules Using是否选择“Features”；

4.6 在Run Name输入文件名“krystek_align7”,然后点击“Compute”，运行大约需要15-20min，直到Command Console出现Done为止；

5 点击“File”----“Import File”----“Files of Type”----“Spreadsheet”----“krystek_align7”----“krystek_align7.tbl”；

5.1 在krystek_align7表单菜单栏点击“PMA”----“Visualize Models” （如果是通过计算，则计算完成后自动打开PMA模型界面，此步骤为手动打开）

5.2 在PMA Visual Analysis表单中Model可选择浏览并检查不同的模型（如果视野没有看到模型，点击General Structure Display(眼镜图标)，在Molecule Area Selection中选中模型，点击Center View即可）；

 5.2.1 cyan for hydrophobes;5.2.2 magenta for donor atoms;5.2.3 green for acceptor atoms;5.2.4 yellow for six-membered rings;5.2.5 red for positive nitrogens;5.2.6 blue for negative centers;

5.3 如果在检查模型过程中看到配体为紫色，则说明该配体没有很好匹配该药效团模型；

5.4 关闭PMA界面，返回krystek_align7表单，在刚才计算完成后生成了20个MODEL和12列数据，前3列为后处理过程中生成的模型属性，中间5列为来自遗传算法的模型得分组件，最后4列是每个模型中各个配体的得分，因此每个单元包含7个值。（一般较好的模型为MODEL_001，综合参数较好）

 5.4.1 “SPECIFICITY”is a logarithmic indicator of the expected discrimination for each query;
5.4.2  The actual number hit is given in the N_HITS column. Note that several models hit all seven ligands in the dataset;
5.4.3  The values in the FEATS column indicate the total number of features in the model query;
5.4.4  PARETO = the Pareto rank of the each model (see Pareto Ranking). Here, all the models have a Pareto rank of 0. This means none of the models is superior to any other when using all four criteria in columns 5-8 (ENERGY, STERICS, HBOND, and MOL_QRY);
5.4.5  ENERGY = the total energy of the model;
5.4.6  STERICS = the steric overlap for the model;
5.4.7  HBOND = the pharmacophoric concordance;
5.4.8  MOL_QRY = the agreement between the query tuplet and the pharmacophoric tuplets for the ligands as a group;

5.5 观察MODEL_11和MODEL_14的ENERGY，MODEL_11特别高,而MODEL_14也明显比其他模型高（High energy is often due to steric clashes）;

5.6 按住CTRL键选择MODEL_11和MODEL_14,然后点击菜单栏“Invert Row Selection”进行反选；

5.7 点击“Scatter plot”打开散点图；

 5.7.1 X Axis 选择“ENERGY”，Range改为10 to 50；5.7.2 Y Axis选择“STERICS”；5.7.3 Color Axis选择“MOL_QRY”；5.7.4 Title输入“pareto”；5.7.5 点击“OK”；

5.8 较好的模型一般在左上角，ENERGY较小而STERICS较大；

5.9 可随机挑选几个点点击菜单栏“3D”来查看模型；
以下为GALAHAD与虚拟筛选连用

6 返回krystek_align7表单，选中“MODEL_001”，点击菜单栏“PMA”----“Create UNITY Query from Model”,在Molecule Area选中M1行，点击“OK”，此时SYBYL界面会出现所生成的药效团模型；

7 点击SYBYL界面菜单栏“UNITY”----“Start UNITY Search”；

7.1 Query选择“Flex Search”；

7.2 Option选择“Specify”，点击旁边的“Options”，把“Use Lipinski’s rule of 5”选择“No”，点击“OK”；（初筛可关闭类药5原则，否则可能得到hits）

7.3 Search Datasourse选择“SLN File”，打开需要筛选的数
据库“VSdatabase”（共114个分子，其中包含krystek.hits中的36个化合物）

7.4 Job输入名字“VSsearch”，点击“OK”；

7.5 点击Sybyl界面的“UNITY”----“Search Management”可查看进度，点击“Refresh”刷新进度条，当“%Complete”为100.00时则完成筛选，点击“Load into Spreadsheet”可查看Hits的分子；

8 完毕。

Galahad tutorial与虚拟筛选--sybyl相关推荐

基于对虚拟筛选结果挑选的规则----Sybyl
基于对虚拟筛选结果挑选的规则----Sybyl 20161230 win7 根据对接打分Total Score,挑选TS>8.0分的化合物: 基于TS>8.0,从对接得到的构像(默认20个 ...
计算机虚拟筛选方法,药物发现的虚拟筛选基本方法 .ppt
药物发现的虚拟筛选基本方法 .ppt 药物发现的虚拟筛选方法;讲述内容;第一节概述;计算机模拟与化学合成.生物测试的结合构成了后基因组时代新药研究的新策略.从已有的化合物,包括合成化合物和天然产物中 ...
药物设计常用的方法分子对接虚拟筛选等
CADD蛋白结构分析.虚拟筛选.分子对接(蛋白-蛋白.蛋白-多肽) 时间课程名称课程内容第一天上午生物分子互作基础 1.生物分子相互作用研究方法 1.1 蛋白-小分子.蛋白-蛋白相互作用原理 ...
免费虚拟筛选软件 - PyRx
PyRx是一款集成了autodock与vina程序且在windows平台上的虚拟筛选软件.目前只有0.8版本是免费的(grosetta后台回复:'pyrx'),其余的版本都存在版权限制. 软件具体操作 ...
python中cock什么意思_[转载]原创脚本逐步实现Autodcock-Vina的虚拟筛选及筛选后分析...
[转载]原创脚本逐步实现Autodcock-Vina的虚拟筛选及筛选后分析 (2013-07-03 11:31:56) 标签: 转载 Vina是在Autodock4基础上改进的算法,相比autodoc ...
模板的选择和结合部位可塑性处理对GPCRs虚拟筛选性能影响
今天要分享的是一篇蛋白质同源建模(MODELLER同源建模)与虚拟筛选相关的文献--<Performance of virtual screening against GPCR homology ...
计算机模拟虚拟筛选操作流程
计算机模拟虚拟筛选操作流程: 1.寻找同一靶点的不同小分子活性药物: 2.对得到的小分子药物进行聚类分析: 3.对分类得到的同一类小分子药物进行药效团的创建: 4.对不同类的药效团进行share(可选 ...
smina 基于结构的虚拟筛选
smina 基于结构的虚拟筛选安装下载: !wget https://sourceforge.net/projects/smina/files/smina.static/download -O s ...
化合物筛选“杀手锏”：高质量化合物库+一站式虚拟筛选，这里都备齐了
化合物筛选是指从大量化合物库中筛选出特定靶点或细胞的特异活性化合物的过程.随着生物医药相关学科的发展,高通量筛选(high throughput screening, HTS)在基础研究及药物开发领域 ...

Galahad tutorial与虚拟筛选--sybyl

Galahad tutorial与虚拟筛选

Galahad tutorial与虚拟筛选--sybyl相关推荐

最新文章

热门文章