STAR软件安装以及使用

1、获取软件
#Get latest STAR source from releases
wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.7.2b.tar.gz
tar -xzf 2.7.2b.tar.gz
cd STAR-2.7.2b
cd bin
cd Linux_x86_64 其下即有可运行二进制文件
./STAR

#Alternatively, get STAR source using git
git clone https://github.com/alexdobin/STAR.git
#Compile
cd STAR/source
make STAR

2、基本使用
step1、建立基因组索引文件index
–runThreadN NumberOfThreads
–runMode genomeGenerate
–genomeDir /path/to/genomeDir #index输出的路径
–genomeFastaFiles /path/to/genome/fasta1 #参考基因组序列，解压缩文件
–sjdbGTFfile /path/to/annotations.gtf #参考基因组注释文件
–sjdbOverhang ReadLength-1 #这个是reads长度的最大值减1，默认是100
（其他参数像产生gff3或者可变剪接比对等，需要加特殊参数）

step2、mapping
–runThreadN NumberOfThreads #线程
–genomeDir /path/to/genomeDir #index目录
–readFilesIn /path/to/read1 [/path/to/read2 ] #paired reads文件
–outFileNamePrefix /path/to/output/dir/prefix #默认结果输出pwd

（–outReadsUnmapped 因为需要去除一些假性重复的序列，例如rRNA元件。所以需要比对到 RepBase_human_database_file ）

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