比对软件-blastN结果详解

文章目录

1. 比对结果输出
2. 结果详解

1. 比对结果输出

query_id refer_id    identity    alignment_length    mismatches  gap_openings    q.start q.end   s.start s.end   e-value bit_score
BA000030.4  CP023202.1  78.25   1209    226 26  15813   17004   7017078 7018266 0   741
BA000030.4  CP016438.1  75.15   4363    967 102 26097   30398   6410499 6414805 0   1943
BA000030.4  CP023692.1  71.89   3163    704 141 26098   29169   4386693 4389761 0   745
BA000030.4  CP033073.1  76.29   3108    642 77  26105   29169   2959523 2956468 0   1568
BA000030.4  CP060828.1  74.8    2936    661 63  26157   29058   5940668 5937778 0   1249
BA000030.4  CP016279.1  76.88   3032    631 63  26168   29170   9144413 9147403 0   1652
BA000030.4  CP034539.1  73.95   2349    521 77  26241   28542   2852251 2849947 0   863
BA000030.4  CP033073.1  84.84   2164    307 16  29270   31427   3675813 3677961 0   2159

2. 结果详解

总共对应12列结果，每一列的含义如下：

query id：查询序列ID标识;refer id：参考序列ID标识;identity (%)：序列比对的一致性百分比;alignment length：符合比对的比对区域的长度;mismatches：比对区域的错配数;gap openings：比对区域的gap数目;q.start：比对区域在查询序列(query id)上的起始位点;q.end：比对区域在查询序列(query id)上的终止位点;s.start：比对区域在参考序列(refer id)上的起始位点;s.end：比对区域在参考序列(refer id)上的终止位点;e-value：比对结果的期望值，将比对序列随机打乱重新组合，和数据库进行比对，如果功能越保守，则该值越低；bit score：比对结果的bit score值;

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