原标题:利用IBS软件画基因mRNA的结构图

IBS(Illustrator for Biological Sequences)是一个简单又强大的绘图软件,它可以几分钟内完成图形的绘制。同时,还拥有多种模板与配色方案,可显著提升绘图效果,从而为我们作图提供了很大的便利。那如何使用IBS进行绘图呢?往下看

,小编来教你~

第一步:软件安装

进入下载地址 http://ibs.biocuckoo.org/download.php 下载最新版本的软件包,本次操作以windows操作系统为例,下载IBS_1.0.3_windows_20170614.exe ,双击下载好的软件,点击运行,然后选择next,接受协议,next,选择安装位置,基本上就安装好了。

第二步:软件使用

刚开始打开软件的界面如下:

默认的模式是Protein Mode,由于我接下来是要画基因的mRNA的exon结构图,所以选择Nucleotide Mode,点击Enter。

下面是需要画的基因的gff格式(一个基因两个mRNA)

1 ensembl_havana gene 1 5000 . + . ID=gene1;1 ensembl_havana mRNA 1 5000 . + . ID=mRNA1;Parent=gene11 ensembl_havana exon 200 800 . + . ID=exon1;Parent=mRNA11 ensembl_havana exon 1000 2000 . + . ID=exon2;Parent=mRNA11 ensembl_havana exon 2500 3000 . + . ID=exon3;Parent=mRNA11 ensembl_havana exon 4000 4500 . + . ID=exon4;Parent=mRNA11 ensembl_havana mRNA 1 5000 . + . ID=mRNA2;Parent=gene11 ensembl_havana exon 200 1000 . + . ID=exon5;Parent=mRNA21 ensembl_havana exon 2500 3000 . + . ID=exon6;Parent=mRNA21 ensembl_havana exon 4100 4500 . + . ID=exon7;Parent=mRNA2

然后点击下图中的Nucleotide

由于基因长度是5000,所以Start和End设置为1和5000(这样就不需要换算),Height设为1(如下图所示),不然出来的线比较粗,点击OK。

若需要画两个mRNA,选择上步画出来的线,点击右键,选择下图的Duplicate。

画第一个mRNA的第一个外显子exon1(开始位置200,结束位置800) ,选择第一条线,点击右键,选择add中的Domain。在position的Start和End分别输入exon1的起始位置和结束位置(如下图)。

依次画出mRNA1的其他exon和mRNA2的exon,最后的图如下:

还可以给mRNA加名称等文字,点击右键,选择Add中的Note。在Text输入mRNA的ID,点击OK。

如果觉得位置不好,还可以选择移动到合适的位置。

最后保存图片,右键,选择Export Image,保存为PDF格式(如下图),然后填写要保存的文件名即可

以上就是使用这个软件画mRNA结构图的基本操作流程。当然,这个软件还有很多其他功能,这里由于篇幅有限,就只简单分享一下画mRNA的结构图。

再多的操作文档,总是不如实际操作来得理解深刻。所以大家快快动起手来,在实际操作中理解学习,若在学习中有不懂或疑问的地方,您可给我们留言,我们会有专职客服为您服务!

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