关于VMD相关介绍（二）

文章来源：“分子动力学”公众号

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接着关于VMD相关介绍（一）讲

三. 三级结构可视化软件VMD：multiple representation

VMD 可以设置多个 representations(简称rep)，也就是将多个显示状态的试试效果叠加在一起。

设置第一个 rep:当前处于编辑状态下的 rep 背景色为浅绿色。设置 Drawing Method为NewCartoon，Coloring Method为Secondary Structure，Selected Atoms 为“all”，回车(或点击右下角 Apply 按钮)。

创建第二个 rep:点击 Create Rep。点击后，复制产生了和第一个一模一样的第二个 rep。浅绿色背景自动跳转到第二个 rep，即目前第二个 rep 处于可编辑状态。设置Drawing Method 为 cpk ， Coloring Method为 colorid ，并选择选 “ 1 red ”(红色)， Selected Atoms为“resname PRO”，回车(或点击右下角Apply按钮)。

设置两个 representations 后，蛋白质中的所有脯氨酸就以红色的原子球的形式叠加显示在以二级结构着色的碳骨架上了。

创建第三个 rep:点击 Create Rep。设置 Drawing Method 为 Surface，Coloring Method 为 colorid，并选择选“8 white”(白色)，Selected Atoms 为“all”，回车(或点击右下角 Apply 按钮)。此时，可以看到填满肉的蛋白质，也就是蛋白质的外表面。继续设置 Coloring Method 右侧的 Material(材质)为 Transparent(透明材质)。如果显卡支持，可以打开 GLSL 显示模式:主窗口中点 Display ==》Rendermode ==》选中 GLSL。GLSL打开后的Transparent Surface变得更加柔美了。

如果要删除某一个 rep，比如删除第二个 rep，需要先选中它(选中后背景色变为浅绿色)，再点击 Delete Rep，就删掉了。或者你可以双击某一个 rep，比如双击第三个 rep，将其暂时隐藏，等需要的时候再双击它取消隐藏。

当把蛋白质结构的显示效果调整到比较满意的状态后，可以保存当前所有的 representations(注意保存的是显示状态，而不是结构):主窗口中点击 File ==》Save Visualization State 》保存在桌面上，起名叫 mystate.vmd。接下来关闭 VMD 再重新打开。这次我们不需要 Load 蛋白质结构，分别设置三个 rep，我们只需要直接载入刚刚保存的 mystate.vmd，即可恢复刚刚的显示状态:主窗口中点击 File》 Load Visualization State ==》找到并打开 mystate.vmd。这时，之前保存的显示状态就自动显示出来了。

四. 三级结构可视化软件VMD：display & lable

调换背景颜色:主窗口中点击 Graphics ==> Colors ==> 弹出 Color Controls 颜色控制窗口 ==> Categories 选 Display ==> Names 选 Background ==> Colors 选 8 white。

Color Controls 窗口里可以调整各种 VMD 默认的颜色方案。比如 Coloring Method 选 Name 的时候，默认的颜色方案是:氢原子白色，氧原子红色，碳原子青色等。这里，你可以根据需要把它们设置成其他颜色。

隐藏坐标轴:主窗口中点击 Display ==> Axes ==> off。

显示 Lable:有时我们需要标记出某些氨基酸的序号或原子的名称。主窗口中点击 Mouse ==> Lable ==> Atom。把鼠标模式设置为 Lable 模式，让它标记原子。此时，鼠标变为十字。接下来在显示窗口中，要标记哪个原子就在哪里点一下。点击后出现文本显示的氨基酸名字、氨基酸序号以及被点击的原子的名字。

调整Lable:

1)改变字体颜色(图3):主窗口中点击 Graphics ==> Colors ==> 弹出 Color Controls 颜色控制窗口 ==> Categories选Lable ==> Names选Atoms ==> Colors选16 black。

2)改变字体大小/粗细(图4):主窗口中点击 Graphics ==> Lables ==> 弹出 Lable 窗口 ==> Global Properties 标签下设置 Text Size 改变字体大小，Thickness 改变粗细。

3)改变显示位置和内容(图5):主窗口中点击 Graphics ==> Lables ==> 弹出 Lable 窗口 ==> Properties 标签下 ==> 选中要调整的 Lable ==> 按住鼠标左键在 Offset 坐标系内移动来改变 Lable 的位置 ==> 写入 Format 来改变 Lable 的内容。默认 Format 为:%R(氨基酸名字)%d(氨基酸序号):%a(原子名字)。比如，只想显示氨基酸名字和编号，删掉“:%a” 这部分代表原子信息的代码即可。

保存结构图:

以 bpti.pdb 这个蛋白质结构文件为例，设置了三个 representations，添加并调整了 Lable，得到了最终的蛋白质3D结构(图6)。最后要做的就是保存结构图片。屏幕截图是较为方便快捷的方法，但是所得图片分辨率不高。如果想要高质量的图片，可以用主窗口下的 File ==> Render ==> 弹出File Render Controls 窗口。File Render Controls 窗口里可以选择多种图片导出方式。

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