MNE官网解读文章《Annotating continuous data》（https://mne.tools/stable/auto_tutorials/raw/30_annotate_raw.html?highlight=annotation，以下简称《文章》）

说明：本博客作为个人学习mne和发现和处理问题的记录

按照《文章》指导，本人编写代码如下——

import os
from datetime import timedelta
import mnesample_data_folder = mne.datasets.sample.data_path()
sample_data_raw_file = os.path.join(sample_data_folder, 'MEG', 'sample','sample_audvis_raw.fif')
raw = mne.io.read_raw_fif(sample_data_raw_file, verbose=False)
raw.crop(tmax=60).load_data()my_annot = mne.Annotations(onset=[3, 5, 7],  # in secondsduration=[1, 0.5, 0.25],  # in seconds, toodescription=['AAA', 'BBB', 'CCC'])
print(my_annot)raw.set_annotations(my_annot)
print(raw.annotations)# convert meas_date (a tuple of seconds, microseconds) into a float:
meas_date = raw.info['meas_date']
orig_time = raw.annotations.orig_time
print(meas_date)
print(meas_date == orig_time)time_of_first_sample = raw.first_samp / raw.info['sfreq']
print(time_of_first_sample)  # 第一个样本时间
print(my_annot.onset + time_of_first_sample)
print(raw.annotations.onset)time_format = '%Y-%m-%d %H:%M:%S.%f'
# timedelta(seconds=50)) 这里添加了长达50s的时间戳，即在meas_date基础上往后延了50s
new_orig_time = (meas_date + timedelta(seconds=50)).strftime(time_format)
print(new_orig_time)later_annot = mne.Annotations(onset=[1, 2, 5],duration=[1, 0.5, 0.25],description=['DDD', 'EEE', 'FFF'],orig_time=new_orig_time)
import matplotlib.pyplot as plt
raw2 = raw.copy().set_annotations(later_annot)
print(later_annot.onset)
print(raw2.annotations.onset)
print(raw2.info['meas_date'])
fig = raw2.plot()
plt.show()fig = raw.plot(start=2, duration=6)
# plt.show()fig.canvas.key_press_event('a')
plt.show()
interactive_annot = raw.annotations  # 这里为了不影响原row对象，使用官网提示代raw3 = raw.copy().set_annotations(interactive_annot)
fig = raw3.plot()
plt.show()new_annot = mne.Annotations(onset=3.75, duration=0.75, description='AAA')
raw.set_annotations(my_annot + new_annot)
raw.plot(start=2, duration=6)
plt.show()print(raw.annotations[0])       # just the first annotation
print(raw.annotations[:2])      # the first two annotations
print(raw.annotations[(3, 2)])  # the fourth and third annotationsfor ann in raw.annotations:descr = ann['description']start = ann['onset']end = ann['onset'] + ann['duration']print("'{}' goes from {} to {}".format(descr, start, end))# later_annot WILL be changed, because we're modifying the first element of# later_annot.onset directly:later_annot.onset[0] = 99# later_annot WILL NOT be changed, because later_annot[0] returns a copy# before the 'onset' field is changed:later_annot[0]['onset'] = 77print(later_annot[0]['onset'])raw.annotations.save('saved-annotations.csv', overwrite=True)annot_from_file = mne.read_annotations('saved-annotations.csv')print(annot_from_file)

对比官网，多写了以下几行代码：

raw2 = raw.copy().set_annotations(later_annot)
print(later_annot.onset)
print(raw2.annotations.onset)
print(raw2.info['meas_date'])
fig = raw2.plot()
plt.show()fig = raw.plot(start=2, duration=6)
# plt.show()fig.canvas.key_press_event('a')
plt.show()
interactive_annot = raw.annotations  # 这里为了不影响原row对象，使用官网提示代码raw3 = raw.copy().set_annotations(interactive_annot)
fig = raw3.plot()
plt.show()

主要量为了进行对比，不同的annotations对row对象的影响

以下是本次学习过程遇到的问题以及解决输入法——

1. 问题代码如下：

import os
from datetime import timedelta
import mnesample_data_folder = mne.datasets.sample.data_path()
sample_data_raw_file = os.path.join(sample_data_folder, 'MEG', 'sample','sample_audvis_raw.fif')
raw = mne.io.read_raw_fif(sample_data_raw_file, verbose=False)
raw.crop(tmax=60).load_data()my_annot = mne.Annotations(onset=[3, 5, 7],  # in secondsduration=[1, 0.5, 0.25],  # in seconds, toodescription=['AAA', 'BBB', 'CCC'])
print(my_annot)raw.set_annotations(my_annot)
print(raw.annotations)# convert meas_date (a tuple of seconds, microseconds) into a float:
meas_date = raw.info['meas_date']
orig_time = raw.annotations.orig_time
print(meas_date)
print(meas_date == orig_time)time_of_first_sample = raw.first_samp / raw.info['sfreq']
print(time_of_first_sample)  # 第一个样本时间
print(my_annot.onset + time_of_first_sample)
print(raw.annotations.onset)time_format = '%Y-%m-%d %H:%M:%S.%f'
# timedelta(seconds=50)) 这里添加了长达50s的时间戳，即在meas_date基础上往后延了50s
new_orig_time = (meas_date + timedelta(seconds=50)).strftime(time_format)
print(new_orig_time)later_annot = mne.Annotations(onset=[1, 2, 5],duration=[1, 0.5, 0.25],description=['DDD', 'EEE', 'FFF'],orig_time=new_orig_time)
import matplotlib.pyplot as plt
raw2 = raw.copy().set_annotations(later_annot)
print(later_annot.onset)
print(raw2.annotations.onset)
print(raw2.info['meas_date'])
fig = raw2.plot()
plt.show()fig = raw.plot(start=2, duration=6)
plt.show()fig.canvas.key_press_event('a')
plt.show()
interactive_annot = raw.annotations  # 这里为了不影响原row对象，使用官网提示代raw3 = raw.copy().set_annotations(interactive_annot)
fig = raw3.plot()
plt.show()new_annot = mne.Annotations(onset=3.75, duration=0.75, description='AAA')
raw.set_annotations(my_annot + new_annot)
raw.plot(start=2, duration=6)
plt.show()print(raw.annotations[0])       # just the first annotation
print(raw.annotations[:2])      # the first two annotations
print(raw.annotations[(3, 2)])  # the fourth and third annotationsfor ann in raw.annotations:descr = ann['description']start = ann['onset']end = ann['onset'] + ann['duration']print("'{}' goes from {} to {}".format(descr, start, end))# later_annot WILL be changed, because we're modifying the first element of# later_annot.onset directly:later_annot.onset[0] = 99# later_annot WILL NOT be changed, because later_annot[0] returns a copy# before the 'onset' field is changed:later_annot[0]['onset'] = 77print(later_annot[0]['onset'])raw.annotations.save('saved-annotations.csv', overwrite=True)annot_from_file = mne.read_annotations('saved-annotations.csv')print(annot_from_file)

运行过程中发现无法实现《文章》 中的“Annotating Raw objects interactively”功能，包括删除、添加、修改annotations，想了一会发现这个对annoations的动态交互功能应该是基于python的图层，即plt.show(),但是上面代码中我先手使用了这条代码所以导致“Annotating Raw objects interactively”功能失效，所以将如下代码

fig = raw.plot(start=2, duration=6)
plt.show()fig.canvas.key_press_event('a')
plt.show()

修改为

fig = raw.plot(start=2, duration=6)
plt.show()fig.canvas.key_press_event('a')
plt.show()

即可

注：这里输入好需要add的annotation的descriptionclick“Add new label”button后需要再clidk一下当前plt.plot()输出的图，就能实现add annotation功能了，这个也是琢磨了半天…

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