NCBI BLAST工具本地化

BLAST介绍

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST采用局部比对的算法，能够寻找到序列之间的局部相似区域。BLAST将核酸或蛋白序列与序列数据库进行比较，计算匹配的统计学意义。BLAST也常用于推测序列间的功能和进化关系，从而帮助识别基因家族成员。

主页链接：BLAST: Basic Local Alignment Search Tool

本地化实现

在一些情况下我们希望实现BLAST的本地化，构建自定比对库或实现大数据量的比对已满足自身的分析需求。下面我们将以Ubuntu平台实现BLAST本地化为例来进行演示。

Ubuntu作为世界上最流行的Linux系统之一，其开源和易安装的特点非常适用于初次使用Linux的小白（个人觉得），并且win10支持安装ubuntu的子系统，无需安装虚拟机，可以说非常方便了，具体的安装过程我后续会写一篇文章来讲解。

废话不多说我们开整。

首先我这里整理了两种方式来安装BLAST：

1）通过apt命令，此方式的优点是操作简便，也无需手动配置环境变量

$ apt install ncbi-blast+

2）去官方下载安装包进行安装，该方法优点是可自定义安装位置，且选择性配置环境变量，缺点是过程比较繁琐。

下载链接：Index of /blast/executables/blast+/LATEST

选择对应的linux版本

直接在网页上下载或右键复制链接后使用wget命令下载

# 创建目录
$ mkdir for_blast
$ cd for_blast
$ wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz
# 解压缩
$ tar -xzvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz

解压缩后如果我们没有将bin文件添加到环境变量，那么如果我们想要使用blast程序，例如blastn，我们就需要进入bin文件下输入以下命令来查看帮助文本，注意要加上 ./

$ ./blastn -h

当然我们也可以选择性的将其添加到环境变量中去：

# 通过修改 .bashrc 文件
$ vim ~/.bashrc
# 在最后一行添加下面一行代码
$ export PATH=/usr/local/for_blast/ncbi-blast-2.13.0+/bin:$PATH  # 注意这里的路径应为解压缩后的bin文件路径
# 输入“source ~/.bashrc”命令，立即生效
$ source  ~/.bashrc

这样我们就可以在本地实现blast工具了。