ImageJ实践——测量大小/长短（以细胞为例）

ImageJ是一款功能强大的图像处理软件。毫无疑问它在测量方面提供了十分便利的功能。下面我将以测量细胞的长短、大小（面积）为例，详细介绍ImageJ的测量操作流程。

1. ImageJ打开图像文件

在弹出的文件选择对话框中选择目标文件，即可

2. 设置标尺

为了测量，我们需要设置图像文件的标尺，即需要知道图像像素和实际长度单位的比例，以便软件可以直接计算出实际数据。

首先，点击ImageJ工具栏中的直线选区工具（即下图中绿框内）
然后在图像中创建一个已知长度的直线选区（例如下图中的20um）。
最后点击Analyze菜单，点击Set Scale … 命令。在弹出的对话框中，需要将Known distance设置为已知长度（例如本文的20），将Unit of length设置为度量单位（例如本文的um）。点击OK即可。

tip：在ImageJ中，微米可以用um表示。

3. 设置测量选项

ImageJ提供了许多测量功能，可以打开Analyze菜单的Set Measurements…，在弹出的对话框中查看并勾选希望测量的功能。

根据需要，我选取了测量：

选区面积（Area）：即细胞的大小
选区拟合矩形（Bounding rectangle）：勾选此项，会测量出BX，BY，Width和Height。其中BX，BY是拟合矩形的左上角坐标，Width和Height是拟合矩形的长度和宽度
文件名（Display label）：勾选此项，会在每次测量时在结果首列中显示来源文件（以防忘记数据来源）

确认后点击OK即可。

4. 通过自由选区工具测量

首先点击自由选区工具（即下图绿框1），然后在图像上通过持续按压鼠标左键描出细胞形状（即下图绿框2中的细黄线），最后点击Analyze的Measure，或直接使用快捷键Ctrl + M，即可完成一次测量。

5. 测量结果保存

当完成第一次测量后，ImageJ就会显示出一个结果表：

在这个表中，包含了你想要测量出的数据，例如上图中从左到后依次是：标签、面积、拟合矩形左上角的横坐标、拟合矩形左上角的纵坐标、拟合矩形的宽、拟合矩形的高。==如果要保存结果的话，可以直接选中并复制，也可以在结果表的 File 中进行保存。

注意事项

在本文的例子中，先不论测量的拟合矩形（Bounding rectangle）是否为最小拟合矩形，虽然这也是一个可大可小的问题，Width和Height分别是宽和高（仅表示横向长度和纵向长度），而不是宽和长（即表示短边长度和长边长度），就会出现宽比高更长的情况，需要对结果再次进行处理，通过比较Width和Height确定出长短边，以便再进一步计算长宽的比值、各自的极值、均值等。