python输出重定向_使用Python子进程重定向标准输出到标准输入...

我正在使用子过程模块从shell调用程序,该子过程模块将二进制文件输出到STDOUT.

我使用Popen()调用程序,然后将流传递给Python包(称为“ pysam”)中的一个函数,不幸的是它无法使用Python文件对象,但可以从STDIN中读取.所以我想做的是将shell命令的输出从STDOUT转到STDIN.

如何在Popen /子过程模块中完成此操作？这是我调用shell程序的方式：

p = subprocess.Popen(my_cmd, stdout=subprocess.PIPE, shell=True).stdout

这将读取“ my_cmd”的STDOUT输出,并在p中获得流.由于我的Python模块无法直接从“ p”读取,因此我尝试使用以下命令将“ my_cmd”的STDOUT重定向回STDIN：

p = subprocess.Popen(my_cmd, stdout=subprocess.PIPE, stdin=subprocess.PIPE, shell=True).stdout

然后,我调用我的模块,该模块使用“-”作为STDIN的占位符：

s = pysam.Samfile("-", "rb")

上面的调用仅意味着从STDIN读取(表示为“-”)并将其读取为二进制文件(“ rb”).

当我尝试此操作时,我只是将二进制输出发送到屏幕,并且看起来Samfile()函数无法读取它.即使我删除对Samfile的调用,也会发生这种情况,所以我认为这是我对Popen的调用而不是下游步骤.

编辑：为了回答答案,我尝试了：

sys.stdin = subprocess.Popen(tagBam_cmd, stdout=subprocess.PIPE, shell=True).stdout

print "Opening SAM.."

s = pysam.Samfile("-","rb")

print "Done?"

sys.stdin = sys.__stdin__

这似乎挂起.我得到的输出：

Opening SAM..

但它永远不会超出Samfile(“-”,“ rb”)行.知道为什么吗？

任何想法如何解决？

编辑2：如果有帮助,我会添加到Pysam文档的链接,我真的无法弄清楚.文档页面为：

有关流的具体说明在这里：

尤其是：

“””

Pysam不支持从真正的python文件对象读取和写入,但是它支持从stdin和stdout读取和写入.以下示例从stdin读取并写入stdout：

infile = pysam.Samfile( "-", "r" )

outfile = pysam.Samfile( "-", "w", template = infile )

for s in infile: outfile.write(s)

它还将与BAM文件一起使用.以下脚本将stdin上的BAM格式的文??件转换为stdout上的SAM格式的文??件：

infile = pysam.Samfile( "-", "rb" )

outfile = pysam.Samfile( "-", "w", template = infile )

for s in infile: outfile.write(s)

注意,只有文件打开模式需要从r更改为rb.

“””

因此,我只想从Popen读取stdout的流,并将其重定向到stdin,以便可以使用Samfile(“-”,“ rb”),因为上面的部分说明是可能的.

谢谢.

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