circos 作图简介

2024-05-20 21:09:57

Circos官网 http://circos.ca

在线绘图工具 http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

Circos图的诞生

Circos图诞生于2009年，当时是作为一个绘图工具类的文章发表在Genome Research（最新IF：9.944）上，其作者是Martin Krzywinski，可为“Circos之父”，我们姑且尊称他为“马老师”。从那时出现开始便多次出现在国际知名杂志，比如Nature、Science、Cell上。截止到2019年9月该文章已被引用将近3,500次

Circos图的用途

Circos图其实是一个用途非常广泛的图形，可以用于表征基本上任何类型的数据，包括把我们常见的散点图、折线图等都可以整合到Circos图中。特别的，Circos图尤其适合用来描述生物信息学和基因组学的数据。

Circos图的做法

绘制Circos图有以下几种做法，由难到易依次为：

方法一：Perl 语言

官方提供的绘制Circos图的软件叫做Circos，是一个由Perl语言编写的一个非常庞大的软件，安装起来非常麻烦：

1. 下载安装Perl语言

2. 从Circos官方网站下载Circos：http://circos.ca/software/download/

下载好之后就是安装Circos需要的Perl模块，粗略统计了一下，Windows中的Active Perl如果要运行Circos，需要安装十几个模块，所以这个很麻烦，难度也很大。

方法二：R语言

推荐几个可以做Circos图的R包

-- circlize

-- RCircos

方法三：Circos Table Viewer

这个是Circos官方在线的绘图工具，网址如下

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

这个网站很慢，可能还需要翻墙

这是目前为止最为简洁的绘制Circos图的方法，只要上传一个文本文件就可以绘图了。具体绘图步骤如下：

1. 进入在线绘图网站

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

2. 准备数据

数据需要放到文本文件中，用空格或者制表符分隔

由于Circos Table Viewer不接受小数，将相关系数都乘以1000

3. 上传文件

点击 “浏览” 上传文件，然后点击 “Visualize Table” 即可生成Circos图

4. 下载Circos图

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