Blast的汇总，从入门到应用

Blast是真是非常常用的一个生物信息工具。只要是接触过序列的朋友，没玩过Blast，那好像是不大可能的。Blast基本上也就是生物信息的入门工具。虽说是入门，但要真正学好，还是蛮复杂的。但是常用的，还是要了解一些的。今天就来汇总一下，关于Blast的文章。包括Blast介绍。Blast的下载。本地Blast。与NCBI的Blast。都是热门啊。

Blast入门

1，什么是Blast?

BLAST 核酸/氨基酸序列相似性比较的工具: http://liucheng.name/1008/

Blast (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较......................

2，NCBI 里用到的几种不同的Blast（核酸的）

BlastN/MegaBlast/Discontiguous MegaBlast 的区别： http://liucheng.name/1009/

三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法.............

3，NCBI 里用到的几种不同的Blast（蛋白的）

Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍：http://liucheng.name/1010/

Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对..............

4，NCBI里的各个Blast库

NCBI在线blast数据库的简要说明：http://liucheng.name/476/

Blast下载

最新版的blast下载：http://liucheng.name/785/

你可以直接通过登陆到NCBI的FTP直接下载。通过迅雷和快车等工具也是可以的。

ftp  ftp.ncbi.nlm.nih.gov

本地Blast的构建

如何构建本地Blast？ http://liucheng.name/478/
本地blast的详细用法：http://liucheng.name/39/
blast formatdb 介绍：http://liucheng.name/569/

在对核苷酸或蛋白质序列数据库进行Blast搜索之前，必须要对所使用的序列数据库进行formatdb，即对序列数据库进行格式化，这是所有使用BLAST所必须的一步。

构建Web页面的Blast(windows/linux)：http://liucheng.name/787/

NCBI Blast的应用

NCBI在线Blast的图文说明：http://liucheng.name/475/
图文讲解如何用Blast验证引物：http://liucheng.name/553/
图文讲解如何用Blast验证引物-补充说明：http://liucheng.name/636/

高级应用：批量Blsat

如何批量Blast（本地）：http://liucheng.name/1221/
教程：在NCBI批量Blast：http://yunbio.com/49

高级应用：BioPerl与Blast

Bioperl:使用和解析 BLAST：http://liucheng.name/400/
用BioPerl解析blast的代码：http://liucheng.name/875/

Blast的BUG与注意

发现低版本Blast程序的一个BUG与非标准密码子：http://liucheng.name/1109/
Blast2.2.21版本的一个BUG：http://liucheng.name/1219/

某些Blast版本是存在BUG的。一般情况下不容易碰到。最好的做法还是要及时升级到最新版本。

~完。连我自己都惊讶。一整理。居然有好多文章。

【转自】http://liucheng.name/1299