mysql基因测序_基因融合检测数据库介绍

点击蓝字

关注我们

基

因融合指的是两个或者多个基因的部分序列结合到一起形成了一种新的基因。

随着高

通量测序

的

发展，我们可以利用二代测序的数据来鉴定出发生在不同疾病当中的融合基因，所以也就出现了很多来寻找融合基因的数据库。

今天就来给大家介绍几个融合基因查询的数据库。

TumorFusions

(https://www.tumorfusions.org/)

提到高通量测序的数据，肯定是绕不开TCGA的数据库。那么庞大的测序量，只要是有新的共同量分析的方法，肯定有人用这个数据来进行分析的。这个TumorFusions数据库就是基于TCGA的数据来预测融合基因的数据库。

数据库的使用基于不同的目的检索就行，我们只需要在不同的检索目的当中输入符合要求的结果就行。例如我们可以在肿瘤类型当中选择—KIRC这个肿瘤来查看所有的融合基因的结果。

这个数据库提供了多种基于不同分析策略得到的结果(Tier 1/2/3/4)。这个分析等级的话越高，得到的结果阈值越低。作者建议如果要进行研究的话选择Tier 1/2最好。

数据结果的呈现，是以表格的形式呈现的，结果当中显示了在什么样本当中哪两个基因存在融合以及融合的位置。

至于结果下载的话，这个数据库说直接在下载按钮当中下载结果即可。但是现在没有了下载按钮。。。这个就找不到了。所以需要数据的话，可以和试着去和作者要一下数据结果。

ChimerDB 4.0

(https://www.kobic.re.kr/chimerdb_mirror/)

这个数据库利用多种分析方式得到的不同的融合基因。同时把这种不同的检索分析方法分成了三种不同的分类

ChimerPub: 基于pubmed检索来获得和基于实验为目的的融合基因结果，利用这个条目我们可以获得实验验证的结果

ChimerKB: 数据库除了文章检索也纳入了一些疾病相关数据库的数据。

ChimerSeq: 基于高通量测序分析得到的结果了，这个里面也包括TCGA的数据。由于是高通量分析的结果，所以得到的结果也比其他两个多很多。

我们需要做的就是选择不同的分析方法，进行进一步的筛选即可。

结果首先是以表格的形式来呈现的。我们可以在表格当中看到哪两个基因存在融合关系。

如果我们想要看其中一个融合基因的相互作用关系的话，可以点击具体的某一个融合基因，下面就会显示其基本的信息，其中包括：具体的融合方式、各自基因的蛋白相互作用、基因表达情况、和拷贝数的关系以及融合相互作用关系图。

关于数据下载的话，这个数据库提供了每一个检索策略的数据结果的所有下载内容。但是关于TCGA的数据的话，只是提供了一个具体的结果，并没有具体到什么样子存在什么融合，这样也没办法让我们自己来分析TCGA的融合基因事件和相关临床表型的关系。

ChiTaRS 5.0

(http://chitars.md.biu.ac.il/index.html)

这个数据库算是很权威的数据库了，这个数据库可以检索人类，小鼠，果蝇，大鼠，斑马鱼，牛，猪和酵母八个物种的融合基因。同时数据库结合了多种检测数据，基本上这个算是目前很全的关于融合基因检测的数据库了。数据库的检索方式也很简单，这个大家一看就懂。限于文章的篇幅，我们就不介绍了(主要是这个数据库的界面，看着乱。。。)

mysql基因测序_基因融合检测数据库介绍相关推荐

mppdb 查看建表语句_内存MPP数据库介绍.pptx
内存MPP数据库介绍RapidsDB核心架构核心特点全内存分布式数据库,高性能,高吞吐量ACID事务型数据库支持SQL语句高性能存储过程高可用性动态数据导出异地灾备,动态迁移与传统数据库和NoSQL对 ...
时序数据 mysql存储_【时序数据库】时序数据库介绍
1.基本概念时序数据库(Time Series Database)是用于存储和管理时间序列数据的专业化数据库.时序数据库特别适用于物联网设备监控和互联网业务监控场景. 下面介绍下时序数据库的一些基本 ...
hmailserver创建MySQL失败_无法检测到Hmailserver数据库版本
好的,我正在尝试使用XAMPP在我的Windows 7 PC上安装HMailServer,并将其连接到XAMPP中的MySQL数据库.我一直在谷歌搜索几个小时,只找到无效或无效的答案. 我经历了安装到 ...
怎么创建mysql文件_怎样创建数据库？
谢邀~树懒君精心整理了一番,接下来就4种流行数据库的创建方法介绍. 一.创建数据库简介数据库是储存关键资料的文件系统,用数据库管理系统建立大家的数据库,就可以更好地提供安全性.如今伴随着社会发展的迅 ...
阿里云mysql管理_阿里云数据库数据管理工具解读
1.背景阿里云数据库提供MySQL\SQL Server\PostgreSQL\PPAS引擎的在线数据库服务,所有数据库均免费提供了数据管理产品,提供对数据库的界面化管理操作.阿里云提供的数据管理是 ...
mysql剪标_一种数据库检索机制的构建方法及系统与流程
本发明属于网络存储技术领域,尤其涉及一种数据库检索机制的构建方法及系统. 背景技术: 随着互联网技术的发展,云端整套的服务解决方案也在与时俱进.传统的KTV应用数据的落地和使用方案比较单调低效,缺乏先 ...
阿里云mysql宽带_阿里云数据库RDS MySQL版购买使用详细过程
阿里云数据库 RDS MySQL 版如何购买使用?通过前面学习如何选择阿里云数据库 RDS MySQL 版,魏艾斯博客已经阿里云 MySQL 有了初步认识,接下来跟着老魏一起购买使用阿里云数据库 RD ...
为了适应云数据库mySQL产品_金山云数据库RDSMySQL的产品功能大解析
相信大家对于云数据库RDSMySQL并不会太陌生,这是一款高性能数据库服务,对于企业来说拥有管理便捷.数据安全.稳定可靠.节约成本等优势,可以兼容MySQL协议,满足企业的不同需求. 在产品功能方面, ...
tdsql完全兼容mysql吗_金融级数据库 TDSQL：已支持日 3.6亿+ 的交易量，TPS 10万+
原标题:金融级数据库 TDSQL:已支持日 3.6亿+ 的交易量,TPS 10万+ 作者: 胡盼盼:微众银行数据库平台负责人.硕士毕业于华中科技大学,毕业后加入腾讯,任高级工程师,从事分布式存储与云数 ...

mysql基因测序_基因融合检测数据库介绍

mysql基因测序_基因融合检测数据库介绍相关推荐

最新文章

热门文章