软件trinity使用流程

1. 数据下载

从NCBI的SRA下载原始下机数据，选择双端测序的Pair-end,但是一般只有一个文件，需要进行格式转换与解压：

2. 安装软件

本次全部使用conda进行，在conda中安装trinity和其他附带软件：

 conda install -c bioconda blastconda install -c bioconda trinityconda install samtools openssl=1.0

samtools 安装遇到问题，解决方法参照下条博文：samtools安装未半而中道崩殂

还需要安装sratoolkit，但是conda中没有找到这个软件，所以直接wget了，如果此链接失效可以寻找其他链接：

wget  https://ftp-trace.

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