使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性
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在之前的文章中,介绍过igraph
工具,可以通过编程处理网络数据,该工具使用与大规模,大批量数据的处理。如果只是偶尔需要分析下网络数据,采用cytoscape这种图形界面工具更加的简单便捷。
cytoscape相信很多人都用过,通常都是用来进行网络的可视化,对于分析网络的基本拓扑属性,比如计算clustering coefficient
值等,在cytoscape中也可以方便的得到。
在cytoscape3.0版本以后,集成了NetworkAnalyzer工具,这个工具可以方便的计算常用的拓扑属性。通过Tools->NetworkAnalyzer可以打开该工具,分析的结果会在右侧的结果面板显示,常用的结果展示如下
1. Simple Parameter
会给出网络的clustering coefficient
,density
等值,示意如下
2. Node Degree Distribution
对于一个scale-free network 而言,节点的度数分布符合幂律分布,该部分可以估计出对应的系数
3. Shorest Path Length Distribution
由于真实网络的small-world effect效用,network中的最短路径的值都非常小,从下图也可以看出,最大为7
4. Betweenness Centrality
5. Closeness Centrality
除此之外,还有很多图论中专属的描述网络的一些特征和属性,就不一一展示了。通过NetworkAnalyzer工具, 可以快速得到常见的network基本属性。
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