高级火山图突出显示自定义的基因volcanic volcano plot duqiang 差异基因火山图

input：
总的差异基因

想要显示的基因 geom_label_repel

总的有显著性含义的差异基因 自己事先从总的差异基因筛选出来的，显示为红色或者绿色

codes

ggplot(allGenes, aes(log2FoldChange, -log10(pvalue))) +geom_point() +geom_point(data=DEG_sig,aes(log2FoldChange, -log10(pvalue)),color=ifelse(DEG_sig$log2FoldChange>0,"red","green"))+geom_point(size = 5, shape = 1, data = top20)+geom_label_repel(aes(label = genename), data = top20,alpha=1,max.overlaps = getOption("ggrepel.max.overlaps", default = 35))+xlab("Log2FoldChange")+ylab("-Log10(Pvalue)")+theme_bw(base_size = 15)

results

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(ggrepel)degs=openxlsx::read.xlsx("G:/r/duqiang_IPF/GSE150910_IPF_Donors_subsets/degs_for_ipf vs control_filtered.xlsx")
head(degs)DEG_sig=degs
head(DEG_sig)allGenes=openxlsx::read.xlsx("G:/r/duqiang_IPF/GSE150910_IPF_Donors_subsets/degs_for_ipf vs control.xlsx")
head(allGenes)
#这一步很重要，选择要标记的数据，
#这里选择的是top 20个基因，按照logFC进行排序
#top20=DEG_sig %>% top_n(20,abs(logFC))gene_interested=readClipboard()
head(gene_interested)
library(stringr)
top20=str_split(pattern = ",",gene_interested)[[1]]
top20top20=allGenes[allGenes$genename %in%top20,]
head(top20)ggplot(allGenes, aes(log2FoldChange, -log10(pvalue))) +geom_point() +geom_point(data=DEG_sig,aes(log2FoldChange, -log10(pvalue)),color=ifelse(DEG_sig$log2FoldChange>0,"red","green"))+geom_point(size = 5, shape = 1, data = top20)+geom_label_repel(aes(label = genename), data = top20,alpha=1)+xlab("Log2FoldChange")+ylab("-Log10(Pvalue)")+theme_bw(base_size = 15)dev.off()
ggplot(allGenes, aes(log2FoldChange, -log10(pvalue))) +geom_point() +geom_point(data=DEG_sig,aes(log2FoldChange, -log10(pvalue)),color=ifelse(DEG_sig$log2FoldChange>0,"red","green"))+geom_point(size = 5, shape = 1, data = top20)+geom_label_repel(aes(label = genename), data = top20,alpha=1,max.overlaps = getOption("ggrepel.max.overlaps", default = 35))+xlab("Log2FoldChange")+ylab("-Log10(Pvalue)")+theme_bw(base_size = 15)

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