在linux中用高斯09优化分子结构,高斯(Gaussian)相关的免费软件 2nd version [2010-09-25].doc...
高斯(Gaussian)相关的免费软件 2nd version [2010-09-25]
献给初学高斯并挣扎的同志们…(经常总结确实能学到很多东西)
Gaussian相关的免费软件(Gaussview除外) 图形分析界面
(本文为免费文档,请勿将此文件强加任何收费限制 !!!! )
(Second edited by 废man 2010-09-25 12:39 )
欢迎大家继续补充,请在上面的括号内加上自己的名字并注明修改日期,并将补充的文字用红色字体标明,谢谢!
除了Gaussian使用的软件外, /software 提到了众多的分子模拟软件,欢迎大家去看看。
Molden http://www.cmbi.ru.nl/molden/ (免费)电子密度
是由荷兰的G. Schaftenaar于1991年开发的从头算Gamess,Gaussian半经验Mopac/Ampac接口的电子密度显示软件,通常运行Unix环境下,indows下需要安装X-WinPro来支持其运行。Molden可以显示分子轨道电子密度等值线图3D格点图等,同时可以输出postscriptXWindows、VRML、Povray、OpenGL、tekronix4014、hpgl和hp2392格式的文件Molden可以读取chemxPDB、mopac/ampac以及其它一些格式的文件。Molden有方便的Z编辑器,可以方便的对构建的分子进行操作。对于高斯而言,与Molden结合使用的时候需要使用IOP(6/7=3)关键字。/~kalju/chem226/public/task2A.html
Molekel http://molekel.cscs.ch/ (免费)
分子模型和电子结构显示的免费工具,支持的分子结构计算程序输出文件格式有:GAUSSIANGAMESS-US、ADF、ZINDO、MOS、HONDO, Jaguar, MOLPRO, HyperChem, Mopac, NWChem和QChem等和NBO等。支持Z-matrix格式Chem3D直角坐标CACAO直角坐标XYZ等多种的文件。Molekel通过读取相关的结果文件,可以制作分子的电子密度图分子轨道图静电势图等,为了显示高斯的结果,通常需要关键字#P GFPRINT, POP=FULL, iop(6/7=3)”。http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/ElectronDensity
http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/GridData
此外,(Molkel)Molekel还支持高斯的NBO结果,具体方法参考紫霞或厦大论坛Elizerbeth老鸟的教程:/boardcon.php?bid=153&id=19255&ftype=1&num=785
用Molekel画轨道图形/html/200907/1449889.html
GaussSum /projects/gausssum/
/ (免费)
支持ADF,GAMESS(US),GAMESS-UK,Gaussian,和PC-GAMESS的结果,包括UV-Vis/IR/Raman光谱,能级和分子轨道的贡献等,可以显示SCF收敛过程,结构优化过程的能量变化等,提取分子轨道信息,包括原子对分子轨道的贡献,特别的可以绘制态密度和部分态密度谱图,晶体轨道重叠布居(COOP)谱图,可以给出成键或反键信息,也可以显示UV-Vis跃迁的信息,包括原子电荷密度的变化等。
Arguslab, / (免费)
由于静电势,电子密度,拉普拉斯电子密度,分子轨道的显示是大家关心的问题,而高斯手册关于这些内容的计算的说明并不是十分详细,而Arguslab提供了和Gaussian的使用接口,可以直接向高斯提交计算任务,其关于cube的计算设置非常方便,如下图所示,可以进行静电势,电子密度,拉普拉斯电子密度等计算。不熟悉的网友可以编辑好输入文件以后查看生成的gjf文件格式熟悉各种cube文件的制作。
此外,也可以通过Surface下拉菜单的Make Surface选项查看当前得到的cube文件的图形,具体操作方式请参考软件的帮助。
具体使用方法参考软件的说明。由于这一软件支持的基组有限,因此当前的版本还不能够用于有关的重原子的赝势基组的计算。除了Gaussian,这一软件还支持HyperChem的结果。注意,Arguslab只支持*.fch和*.log格式的高斯结果文件,并不支持*.out格式的高斯结果文件。
Gabedit / (免费)
这个软件提供了多种软件的使用接口,包括GAMESS(US), GAUSSIAN, MOLCAS, MOLPRO , MPQC, Open
在linux中用高斯09优化分子结构,高斯(Gaussian)相关的免费软件 2nd version [2010-09-25].doc...相关推荐
- linux 性能 管理 与 优化
一.影响Linux服务器性能的因素 操作系统级:CPU.内存.磁盘I/O带宽.网络I/O带宽 程序应用级 二.系统性能评估 影响性能因素 评判标准 好 坏 糟糕 CPU user% + ...
- linux获取互联网时间,linux中用shell获取时间,日期
linux中用shell获取昨天.明天或多天前的日期: 在Linux中对man date -d 参数说的比较模糊,以下举例进一步说明: # -d, --date=STRING display time ...
- linux优化pdf,linux系统安全和优化.pdf
crookoo 于 2012-05-06 03:42:36发表: 好东西啊 dayed 于 2012-03-25 11:30:45发表: linux系统安全和优化 topcloud 于 2012-03 ...
- linux中用shell获取时间,日期
linux中用shell获取昨天.明天或多天前的日期: 在Linux中对man date -d 参数说的比较模糊,以下举例进一步说明: # -d, --date=STRING display time ...
- linux中用shell获取昨天、明天或多天前的日期
linux中用shell获取昨天.明天或多天前的日期时间 2015-12-08 09:33:00 BlogJava-专家区 原文 http://www.blogjava.net/xzclog/arch ...
- python 高斯金字塔_12、高斯金字塔、拉普拉斯金字塔与图片尺寸缩放(示例代码)...
一.引言 我们经常会将某种尺寸的图像转换为其他尺寸的图像,如果放大或者缩小图片的尺寸,笼统来说的话,可以使用OpenCV为我们提供的如下两种方式: (1)resize函数.这是最直接的方式, (2)p ...
- linux用户在哪个文件夹,LINUX中用命令成功建立一个用户后信息会记录在哪个文件中...
LINUX中用命令成功建立一个用户后信息会记录在哪个文件中 发布时间:2007-07-28 10:14:57来源:红联作者:MPiops 增加用户帐号后 新建用户的命令十分简单,在命令行下使用 use ...
- 高斯混合模型聚类实战(Gaussian Mixtures)
高斯混合模型聚类实战(Gaussian Mixtures) 目录 高斯混合模型聚类实战(Gaussian Mixtures) 高斯混合模型构建
- linux启动时间极限优化,Linux启动时间的极限优化
在上次完成嵌入式应用的Linux裁减后,Linux的启动时间仍需要7s左右,虽然勉强可以接受,但仍然没有达到我个人所追求的目标--2s以内.况且,在实际的商用环境中,设备可靠性的要求可是"5 ...
- Linux内核网络性能优化
Linux内核网络性能优化 1. 前言 2. Linux网络协议栈 3. DPDK 4. XDP 4.1 XDP主要的特性 4.2 XDP与DPDK的对比 4.3 应用场景 5. CPU负载均衡 5. ...
最新文章
- 快手百度 4.34 亿美元投资知乎;腾讯回应“push团队全部被开”;Android Q Beta 6 发布!...
- 情人节,你刚表白,而我已经开始选哪里拍婚纱照了~
- 讯wifi_罗永浩直播带货,网友为何pick讯飞智能录音笔?
- 【Mysql】win10上Mysq的l安装
- android黑屏日志_Android启动页黑屏的解决方案
- 服务器link系统命令,可以使用命令(7)来查看网络接口的运行情况。输入该命令后,系统的输出信息如下。...
- linux下创建svn仓库及用户
- python画超长图-python 画长图
- 深度学习 --- 优化入门三(梯度消失和激活函数ReLU)
- web移动端常见问题解决方案 (转)
- 【气动学】基于matlab GUI弹道仿真【含Matlab源码 1136期】
- 从shell(终端)中退出python
- 不能使用sizeof计算的表达式
- html 免费站点,28个免费的HTML5网站模板
- 【备忘】Aegisub字幕制作简易方法
- 用 FragmentTabHost 实现底部菜单
- CMD的打开方式以及一些常用的Dos命令
- 比较motif和一条长序列的相似性
- 基于ThinkPHP框架的学生管理系统+留言板后台管理系统
- 题解 P2026 【求一次函数解析式】