生物信息学习的正确姿势

NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。

作者：Joseph Rickert

翻译：黄小伟，资深大数据分析从业者。目前就职杭州有赞数据分析团队!

知乎专栏：中国R语言社区 ｜10000+关注（Top 1）

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2020年8月份，146个R新包收录于CRAN（2020年7月份收录161个），累计收录17,203个R包！由于CRAN会不定时进行R包增删，所以具体数量会随时间略有变化。

此次整理了11个类别，分别为计算方法（3）、数据（2）、基因组学（2）、保险业（1）、机器学习（2）、应用数学（5）、医药学（3）、统计学（9）、时间序列（4）、效率工具（3）和可视化（6）。

以下是本期（总第45期）R新包的核心功能介绍：

一. 计算方法

1. dpseg: 实现一种通过动态编程算法对有序数据进行线性分段的算法.

2. qpmadr: 实现Goldfarb&Idnani（1983）中用于求解具有线性不等式、等式和框约束的二次问题的方法.

3. WoodburyMatrix: 实现一个类和方法的层次结构，用于操作由其他矩阵的逆和隐式形成的矩阵，这是空间统计和相关领域中常见的情况.

二. 数据

1. neonstore: 支持通过API接口访问国家生态观测网（NEON）数据.

2. pdxTrees: 收集了波特兰公园和娱乐场所的数据集，该数据库清点了一百七十多个公园中以及沿九十六个社区沿街的每一棵树.

三. 基因组学

1. hiphop: 实现一种方法来比较子代与任何潜在父母组合的基因型，并在可用于父子鉴定和生育分配的双等位基因标记处对这些个体的不匹配数量给予评分.

2. RapidoPGS: 支持从病例对照或定量性状的GWAS摘要统计信息快速计算多基因得分，而无需LD矩阵计算或参数调整.

四. 保险业

1. SynthETIC: 实现个人索赔模拟器，该模拟器生成模拟非人寿保险索赔的各种特性的合成数据.

五. 机器学习

1. sparklyr.flint: 对Sparklyr进行扩展，包含了Flint时间序列功能.

2. torch: 提供定义和训练神经网络的功能，类似于Paszke等（2019）的PyTorch，但完全用R编写.

六. 应用数学

1. gasper: 提供图形信号处理的标准操作，包括图形傅里叶变换、谱图小波变换、可视化工具等.

2. GeodRegr: 提供梯度下降算法来寻找实值自变量和流形值因变量之间的测地线关系（即测地线回归）.

3. geos: 为开源几何引擎GEOS库提供了一个R API，并提供了一个矢量格式，用于高效地存储GEOS几何图形.

4. pcSteiner: 提供用于获得Steiner Tree问题的近似解决方案的功能，该问题寻求一个子图，该子图将给定一组顶点与最昂贵的节点和最便宜的边连接起来.

5. TCIU: 提供使用分析和数值技术将纵向数据转换为复杂时间（kime）数据的核心功能、可视化原始时间序列和重建的kime曲面，执行基于模型（例如张量线性回归）和无模型分类和聚类方法.

七. 医药学

1. epigraphdb: 支持对EpiGraphDB平台的访问.

2. raveio: 实现了一个与RAVE（人类颅内脑电图数据的R分析和可视化）项目的接口，该项目旨在分析放在皮层表面或插入大脑的电极患者的大脑记录.

3. tboot: 支持通过使用倾斜引导重采样方法模拟具有实际相关性结构和假定疗效水平的临床试验数据.

八. 统计学

1. BayesMRA: 使用Markov Chain Monte Carlo拟合稀疏贝叶斯多分辨率空间模型.

2. bsem: 允许使用rstan针对特定情况进行结构方程式建模，其中包括贝叶斯半确认因子分析、确认性因子分析和结构方程模型.

3. cyclomort: 支持使用周期性危险函数进行生存建模.

4. ebmstate: 实现经验贝叶斯、多状态Cox模型以进行生存分析.

5. fairmodels: 提供测量多个模型公平性的功能，包括测量模型对不同种族、性别、国籍等的偏见.

6. MGMM: 实现具有缺失元素的多元正态随机向量的聚类，通过拟合高斯混合模型（GMM）实现聚类.

7. rmsb: rms包的Bayesian辅助，提供贝叶斯模型拟合、后拟合估计，并实现贝叶斯回归模型，其拟合对象可由rms函数处理.

8.RoBMA : 实现一个用于估计元分析模型集合的框架（假设存在或不存在影响、异构性和发布偏差），并使用贝叶斯模型平均来进行组合.

9. tTOlr: 实现一个和两个样本t检验的似然比统计.

九. 时间序列

1. fable.prophet: 使prophet模型可用于通过fabletools创建的工作流中.

2. garma: 提供估计长记忆季节性/周期性Gegenbauer单变量时间序列过程的方法.

3. gratis: 支持基于混合自回归模型生成时间序列.

4. rhosa: 支持对时间序列进行高阶光谱或多光谱分析.

十. 效率工具

1. DataEditR: 实现一个交互式编辑器，允许在R中交互式地查看、输入和编辑数据.

2. equatiomatic: 通过提供函数来简化LaReX公式的编写，该函数将拟合的模型对象作为其输入，并返回模型对应的LaTeX代码.

3. starschemar: 提供从平面表获取星型模式的函数.

十一. 数据可视化

1. glow: 提供用于创建具有发光点的图框架.

2. graph3d: 实现JavaScript库可视化的包装，使用户能够创建三维交互式可视化.

3. jsTreeR: 提供实现用于表示可包含在Shiny应用程序和R markdown文档中层次结构数据交互式树的功能.

4. KMunicate: 支持按照Morris等人的KMunicate研究推荐的方式生成Kaplan-Meier图.

5. rAmCharts4: 提供用于创建JavaScript图表的函数，这些图表可以包含在Shiny应用程序和R Markdown文档中，也可以从R控制台和rstudioviewer中查看.

6. tabularmaps: 提供用于创建表格地图的函数，这是一种可视化方法，用于通过平铺多个元素来高效地显示由多个元素组成的数据.

说明：限于个人水平，错误之处难免，烦请批评指正，共同交流~

这个为生信学习和生信作图打造的开源R教程真香！！！

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