network3D 交互式网络生成
networkD3是基于D3JS的R包交互式绘图工具,用于转换R语言生成的图为交互式网页嵌套图。目前支持网络图,桑基图,树枝图 (后续相继推出)等。
关于网络图的绘制,我们之前有5篇文章,可点击查看。
Cytoscape教程1
Cytoscape之操作界面介绍
新出炉的Cytoscape视频教程
Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析
一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现
也可以使用此文介绍的network3D绘制交互式网络图,输入数据与Cytoscape需要的数据格式一致。
运行下方脚本,可得到这个网络图。是关于我们培训现在开通报名的课程、开过的课程和即将要开的课程。
如果需要用自己的数据,也只需替换数据部分,其它部分都是写好的通用脚本。
#install.packages("networkD3")
library("networkD3")# 网络数据和节点属性数据以类似格式存入文本文件即可
# 网络文件有3列组成,第一列为
network <- "Src;Target;Value
Bioinfo;Biology;4
Bioinfo;Math;4
Bioinfo;Program;4
Bioinfo;NGS;4
Program;Linux;1
Program;Python;1
Program;R;1
NGS;RNAseq;1
NGS;ChIPseq;3
NGS;16Sseq;3
NGS;Metagenome;1
NGS;SingeCellSeq;3
NGS;DNAmethylseq;1
NGS;lncRNA;3
NGS;Exomeseq;1
NGS;TCGA;1
"attribute <- "name;group;size
Bioinfo;Class;4
Biology;Class;4
Math;Class;4
Program;Class;4
NGS;Class;4
Linux;On;2
Python;Off;2
R;Off;2
RNAseq;Off;1
ChIPseq;On;1
16Sseq;On;1
Metagenome;On;1
SingeCellSeq;InPrepare;1
DNAmethylseq;InPrepare;1
lncRNA;InPrepare;1
Exomeseq;InPrepare;1
TCGA;InPrepare;1"network <- read.table(text=network, sep=";", header=T, row.names=NULL, quote="", comment="")network <- network[,1:3]
colnames(network) <- c("Src", "Target", "Value")nodes <- unique(c(network$Src, network$Target))
factor_list <- sort(unique(c(levels(network$Src), levels(network$Target))))
num_list <- 0:(length(factor_list)-1)
levels(network$Src) <- num_list[factor_list %in% levels(network$Src)]
levels(network$Target) <- num_list[factor_list %in% levels(network$Target)]attribute <- read.table(text=attribute, sep=";", header=T, row.names=NULL, quote="", comment="")
attribute <- attribute[match(factor_list, attribute$name),]
forceNetwork(Links = network, Nodes = attribute,width = 600, height=400,Source = "Src", Target = "Target",Value = "Value", NodeID = "name",Group = "group", opacity = 1,legend = T, zoom = T, Nodesize = "size",bounded = T, opacityNoHover = 1, fontSize = 15)
说到交互式可视化,还有之前推出的:
R语言交互式可视化包CanvasXpress
视频教程:R语言recharts包绘制交互式图形
关于R绘图, 更多文章如下:
在R中赞扬下努力工作的你,奖励一份CheatShet
别人的电子书,你的电子书,都在bookdown
R语言 - 入门环境Rstudio
R语言 - 热图绘制 (heatmap)
R语言 - 基础概念和矩阵操作
R语言 - 热图简化
R语言 - 热图美化
R语言 - 线图绘制
R语言 - 线图一步法
R语言 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图)
R语言 - 箱线图一步法
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R语言 - 散点图绘制
一文看懂PCA主成分分析
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R语言 - 图形设置中英字体
R语言 - 非参数法生存分析
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还在用PCA降维?快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码
一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据
文章用图的修改和排版
往期精品(点击图片直达文字对应教程)
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