生信软件-- HiC PRO使用

继续上一篇HiC- PRO安装之后，学习HiC- PRO的使用。

HiC原理：（引用博客：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/113725316）
下图展示了目前主流三维基因组测序技术3：

1、C技术
3C（一对一）
基因组捕获技术（Chromosome conformation capture，3C）是最早研究三维基因组的技术，需要提前知道互相作用区域，才能量化一对基因组基因座之间的互相作用。4

4C（一对多）
染色体构象捕获芯片（Chromosome conformation capture-on-chip，4C ），可以捕获一个基因区域其他区域间的互相作用。该技术不需要知道作用区域的先验知识就可以使用。5

5C（多对多）
染色体构象捕获碳拷贝（Chromosome conformation capture carbon copy，5C），可以检测某段区域内所有的互作，但是该区域一般<1 Mb。覆盖度的问题也就造成该技术不适用于全基因组测序。6

Hi-C（全部互作）
高通量基因组捕获技术，基本解决了上述技术的缺点，可以实现全基因组覆盖检测全部未知互作区域。

2、基于免疫沉淀技术
ChIP-loop
该技术将 3C 与 ChIP-seq 结合，可以检测目的蛋白质介导的两个目

生信软件-- HiC PRO使用相关推荐

生信软件c语言,科学网—[转载]没有docker我真的不想动这样的生信软件 - 张成岗的博文...
没有docker我真的不想动这样的生信软件 2020-03-26阅读 2620 C语言源代码需要编译的软件最开始开发者都是C语言流派, 所以标准的源代码安装三部曲即可,即使 configure+ma ...
生信软件 | FastQC（质量控制，查看测序质量）
生信软件 | FastQC 介绍高通量测序数据的高级质控工具输入FastQ,SAM,BAM文件,输出对测序数据评估的网页报告安装 conda install fastqc 这里需要安装Conda ...
生信软件4 - 拷贝数变异CNV分析软件 WisecondorX
使用wisecondorX可进行拷贝数变异CNV的分析,作者在论文中对比了多种软件的使用效果,可自行根据自己的项目需要,判断是否使用. wisecondrX安装 # conda安装 conda ins ...
C#，生信软件实践（01）——DNA序列数据库FASTA文件合并工具的源代码
1 生物信息学简介生物信息学(BioInformatics)是研究生物信息的采集.处理.存储.传播,分析和解释等各方面的学科,也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展,生命科学和计算机科学相结合形成的 ...
生信软件2 - 下游比对数据的统计工具 picard
下游比对数据的统计工具 picard Picard是一组命令行工具,用于处理高通量排序数据和格式,如sam/ bam/ cran和vcf文件. 安装在Linux系统目录下执行以下命令下载软件 wge ...
生信软件5 - RIdeogram包绘制染色体密度图
该R包在全基因组测序WGS中可以通过用于描述突变位点在染色体上的分布,在转录组测序RNA-Seq中可用于描述差异表达基因在染色体上的分布,在WGBS中可用于描述DNA甲基化在染色体上的分布等. R包软 ...
Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机
很多优秀的生物信息学软件,如QIIME.QIIME 2.LEfSe等没有Windows版,而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低,而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题,配置和使用详见 - 扩 ...
Windows10/11安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机
很多优秀的生物信息学软件,如QIIME.QIIME 2.LEfSe等没有Windows版,而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低,而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题,配置和使用详见 - 扩 ...
生物信息学软件_生信软件操作视频教程大赛
楔子朋友圈偶然看到由信息中心生命科学图书馆联合营养与健康院团委.研究生会.中科院创新创业俱乐部举办的2019年度生物软件操作视频征集大赛,虽然是生物软件操作大赛,但是里面列出来的几乎都是生物信息学软 ...

生信软件-- HiC PRO使用

生信软件-- HiC PRO使用相关推荐

最新文章

热门文章