群体进化技术原理和研究思路

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不同生存条件下的同一物种因为自然选择、人工驯化、遗传漂变形成不同的亚群或者亚种，群体进化研究就是用来追溯和揭示进化的过程。

群体进化研究全基因组重测序技术 ------自然群体各亚群的基因组信息，得到大量的SNP、Indel 和SV 和CNV 等变异的信息。然后根据SNP 讨论群体的遗传结构、基因交流情况、物种形成的机制和群体进化动态等生物学问题。

群体进化的研究目的
1.物种起源和迁徙路线
2.人工驯化机制及受选择基因
3.适应性进化机制
4.种群历史动态分析

群体进化材料的选择

群体进化的深度测序方法
WGS 全基因组测序
测序深度10x 以上

简化基因组测序GBS 和RAD 分析

群体进化
群体结构分析系统进化树(推断各亚群的来源) PCA 分析(确定亚群的数目)

分析内容 —连锁不平衡分析

不同的颜色代表不同的种群
绿色代表野生种，受到选择和训化较少，因此LD值较小
LD 值越大表示受到驯化，衰减越大受选择程度越大。

分析内容—有效群体大小和种群历史动态大小

物种在训化的过程中一个突变位点相邻DNA 上的核苷酸之间的差异下降或消除

分析内容–目标区域功能富集分析

主要是选择群体消除后的Top 5%的区域得到的基因进行富集分析和KEGG 分析

例子分析

选择性消除分析

GWAS 技术原理和研究思路分析

利用全基因组连锁不平衡分析来确定影响某些表型货数量形状的基因。

需要的数据表型数据和基因型数据

重要的因素是性状的决定

GWAS 筛选显著相关的SNP

基因连锁分析—全基因组关联分析

GWAS 的特色分析

文献解读

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