CentOS7.6 安装配置Amber18/AmberTools18(GPU加速版)
硬件环境:
1. 解压安装包
tar jxvf AmberTools18.tar.bz2
tar jxvf Amber18.tar.bz2
2. 安装环境依赖
需要使用默认的CentOS7编译器,以及gcc4.8.5编译的CUDA组件。
su rootyum install gcc gcc-gfortran gcc-c++ flex tcsh zlib-devel \bzip2-devel libXt-devel libXext-devel libXdmcp-devel \tkinter openmpi openmpi-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker \patch bison boost-devel#~/.bashrc中添加环境
#AMBER
test -f /opt/amber/amber18/amber.sh && source /opt/amber/amber18/amber.sh
export AMBERHOME=/opt/amber/amber18
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUDA_HOME/lib64
3. 安装conda环境
conda install --file $AMBERHOME/AmberTools/src/python_requirement.txt
4. 编译AMBER:
先安装串行,再安装并行,最后加入gpu。
第一次进行configure的时候会检查补丁,推荐安装补丁。
5.1 编译串行版本
cd $AMBERHOME
./configure --with-python /root/anaconda3/bin/python gnu
make install# Testing
make test
5.2 编译并行版本
cd $AMBERHOME
./configure --with-python /root/anaconda3/bin/python -mpi gnu
make install
export DO_PARALLEL="mpirun --allow-run-as-root -np 4 "./configure --with-python /usr/bin/python -openmp gnu
make openmp
5.3 编译GPU版本
cd $AMBERHOME
./configure --with-python /root/anaconda3/bin/python -cuda gnu
make install
./configure --with-python /root/anaconda3/bin/python -cuda -mpi gnu
make install# Testing
make test.cuda
make test.cuda_parallel
参考:
https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/73028546
CentOS7.6 安装配置Amber18/AmberTools18(GPU加速版)相关推荐
- CentOS7.3 安装配置 Nginx、MariaDB、PHP
CentOS7.3 安装配置 Nginx.MariaDB.PHP 配置 nginx 安装参数并安装 配置 以下参数也可以在后期通过配置 conf 文件进行配置 基本配置如下 ./configure - ...
- 在CentOS7上安装配置Corosync高可用集群过程全记录
在CentOS7上安装配置Corosync高可用集群过程全记录 一.环境.拓朴及其他准备工作: 1-1:准备网络YUM源环境: All Nodes OS CentOS 7.3 x86_64: # wg ...
- Centos7下安装配置开源存储虚拟化QuadStor(4)----Vdisk Clone
操作环境 同< Centos7下安装配置开源存储虚拟化QuadStor(1)------初始化QuadStor> QuadStor Server:10.10.200.227 iSCSi I ...
- centos7 Kubeadm安装配置K8S 及Dashboard外部服务
环境: Kubernetes Master节点:192.168.0.47 Kubernetes node1节点:192.168.0.33 Kubernetes node2节点:192.168.0.37 ...
- 小白Windows7/10 64Bit安装Theano并实现GPU加速(没有MinGw等,详细步骤)
本教程适合最初学习者,高手勿喷.原文地址:http://blog.csdn.net/niuwei22007/article/details/47684673 Ubuntu15.10 64bit成功安装 ...
- centos7 mysql安装配置_mysql 5.7.17 安装配置方法图文教程(CentOS7)
CentOS7安装mysql笔记 1 CentOS7默认安装mariadb数据库,卸载mariadb. rpm -qa|grep mariadb yum remove mariadb-libs.x86 ...
- Centos7 下安装配置tomcat7
首先下载压缩包 wget http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/apache/tomcat/tomcat-7/v7.0.78/bin/apache-tomcat-7. ...
- centos7上安装配置tomcat8.5
JAVA JDK安装配置 必要前提关闭 selinux 和防火墙 Apache Tomcat/8.5.16依赖jre7及以上版本,不过jdk高版本已经包含jre. 首先去oracle的网站下载对应ja ...
- centos7.5 安装配置supervisor管理python进程(也就是服务)
以前的博文有写,但是有些许不同再详细描述一下,之前的系统已经被我玩崩了.再次强调权限问题,最好是获取权限,完成修改后再该回原来的权限. 1.安装supervisor sudo yum install ...
最新文章
- 作业盒子完成1.5亿美元D轮融资,用AI普及教育资源
- LeetCode 743. Network Delay Time
- prism项目搭建 wpf_WPF Step By Step 系列-Prism框架在项目中使用
- 解决 .htaccess 导致的403禁止访问
- 微型计算机常用的worm是,2010江西省计算机等级考试试题 二级C试题考试答题技巧...
- 基于SIMD的AVS整数反变换算法设计与优化
- 【Java】Java数据库访问体系重点总结
- Manasa and Combinatorics
- Docker 深入理解概念
- systemctl命令
- linux反汇编时乱码,Linux反汇编代码理解 标准例子 很好
- asp.net 学习交流群 130017551
- Windows下部署elasticsearch和kibana
- LINUX下载编译fontconfig
- 大数据 流式计算 apache storm 学习笔记 01 ---汪文君
- Flash Builder 4 正式版序列号
- jsp代码没有错,但是总是有红叉(一招解决)
- 基于C/C++的实现p2p功能
- keil中 使用for循环体中条件判断框定义变量出错
- 7-18(查找) 新浪微博热门话题(30 分)
热门文章
- 【收藏夹】人工智能领域的一些博客/论文/资讯 2017
- unity背景设置透明,显示ios原生ui背景
- 进行域名解析时,递归和迭代查询方式是什么意思?
- 电脑端工具☞高效率办公软件,值得推荐
- Tkinter 库---python小应用 贷款利息计算器
- 计算机应用技术计算问题,汉语组块计算的若干分析-计算机应用技术专业论文.docx...
- 互联网晚报 | 小米公布“汽车设计文件泄密”事件处理结果;蔚来回应最高超10万元降价促销;苹果发布2023财年第一财季财报...
- 玩转树莓派---详解树莓派的系统烧录,基础使用及基于树莓派制作手势控制的小车(附详细代码及演示效果)
- 95后小伙记录一次京东Java实习校招面经,三轮技术面+HR面,已给口头offer!
- 【Flask】篇一:Error: Failed to find Flask application or factory in module “学习用“. Use “FLASK_APP=学习用:nam