GROMACS

程序

DEMO

例程

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概述

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该例程来自

Gromacs

程序

/share/tutor/

目录下。整个例程大概只需要十分钟就可以完成，非常适合初学者学习。

该例程是一个完整的分子动力学模拟过程，涵盖了

Gromacs

程序基本的使用方法。模拟内容是一个水环境下的小肽链。模拟唯一要求是该小肽链的

PDB

文件。

文档翻译如果有错，请你给我发信：

sen@nkbbs.

org

。相关内容请参阅

Gromacs

文档，或者给

Gromacs

开发组询问。

Gromacs

官方网站：

http://www.

gromacs.org

Email:

gromacs@gromacs.org

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环境变量设置

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在以下的例程中，所有命令都直接运行，没有添加绝对路径。所以，必须将

Gromacs

安装路径的

bin

文件夹加入到系统

PATH

变量中。如果不加入

PATH

变量，那么运行时要加入命令的绝对路径。

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PDB2GMX ###

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在进行如何分子动力学模拟之前，必须建立分子的拓扑文件。

Gromacs

的分子拓扑文件是用

pdb2gmx

命令生成，文件后缀名为

.top

。攑

db2gmx

的

输入唯一文件是分子的

PDB

文件，可以从

www.pdb.

org

寻找，文件后缀名

.

pdb

。

”

不是所有的

PDB

文件都含有氢原子，

pdb2gmx

将添加所有缺失的氢原子。在

pdb2gmx

输出的

gromacs

结构文件中，包含了蛋白质结构的每一个原

子，并定义了分子结构的尺寸大小。文件后缀名为

.gro

。

”

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假设分子

PDB

文件名为

MOL.pdb

，命令运行格式：

pdb2gmx -f MOL.pdb -o MOL.gro -p MOL.

top >

output.pdb2gmx