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资料

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GROMACS

教程

一

Gromacs

基本模拟流程

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............................................................................

3

1

下载

pdb

文件

......................................................................................

3

2

用

pdb2gmx

处理

pdb

文件

...............................................................

3

3

建立盒子

.............................................................................................

3

5

设置能量最小化

.

..................................................................................

4

6

用

grompp

程序进行文件处理

..............................................................

6

7

使用

genion

和

tpr

文件添加离子

........................................................

6

8

用

fws_ion.pdb

来产生能量最小化的输入文件

......................................

6

9

在后台运行能量最小化(在命令后加

&

)

..............................................

7

二

设置位置限制性动力学模拟

......................................................................

7

三

设置非限制性动力学模拟

.

.........................................................................

9

1

如何重启一个计算

............................................................................... 11

2

如何延长一个计算

.............................................................................. 11

3

如何设置并行计算

.............................................................................. 11

五

模拟结果分析

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........................................................................................ 12

1

如何将特定帧的轨迹保存成

*.pdb

文件

.

............................................... 12

2

用

ngmx

观察轨迹文件(也可以用

VMD

观察轨迹文件

)

.

..................... 12

3

比较常用的分析工具

.......................................................................... 14

3.3 g_covar

计算斜方差

.................................................................. 16

3.4 g_energy

能量数据作图，如压力、体积、密度等

..................... 16