欢迎关注”生信修炼手册”!

channels是conda下载包的镜像网站,通过如下命令可以查看已有的channels

conda config --show channels
channels:- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/- defaults

以清华的镜像为例

>https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

每个url对应的是不同操作系统平台的文件夹

在操作系统对应的目录下,是具体的安装包,后缀为tar.bz2

>https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64/

在这些安装包中,有一个比较特殊repodata.json, 存储了该目录下包含的所有包的名称,依赖,md5等信息

部分内容如下

{"info": {"arch": "x86_64","platform": "linux","subdir": "linux-64"},"packages": {"_libgcc_mutex-0.1-free.tar.bz2": {"build": "free","build_number": 0,"date": "2019-07-01","depends": [],"md5": "f7d7639c8485ae4701aeb6add534a774","name": "_libgcc_mutex","size": 3129,"timestamp": 1562011672620,"track_features": "free_channel_libgcc","version": "0.1"},"_license-1.1-py27_0.tar.bz2": {"build": "py27_0","build_number": 0,"date": "2013-03-01","depends": ["python 2.7*"],

在安装包的时候,conda会依次遍历所有的channnels,通过repodata来查找该channel是否包含需要下载的packages,  一个基本的安装过程如下

conda create -n myenv numpy
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done## Package Plan ##environment location: /media/gsadmin/vd1/heguangliang/bcbio3/anaconda/envs/myenvadded / updated specs:- numpyThe following packages will be downloaded:package | build---------------------------|-----------------blas-1.0                   | mkl 6 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freenumpy-1.13.1               | py36_0 7.2 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free------------------------------------------------------------Total: 7.2 MBThe following NEW packages will be INSTALLED:blas anaconda/pkgs/free/linux-64::blas-1.0-mklcertifi anaconda/pkgs/free/linux-64::certifi-2016.2.28-py36_0mkl anaconda/pkgs/free/linux-64::mkl-2017.0.3-0numpy anaconda/pkgs/free/linux-64::numpy-1.13.1-py36_0openssl anaconda/pkgs/free/linux-64::openssl-1.0.2l-0pip anaconda/pkgs/free/linux-64::pip-9.0.1-py36_1python anaconda/pkgs/free/linux-64::python-3.6.2-0readline anaconda/pkgs/free/linux-64::readline-6.2-2setuptools anaconda/pkgs/free/linux-64::setuptools-36.4.0-py36_1sqlite anaconda/pkgs/free/linux-64::sqlite-3.13.0-0tk anaconda/pkgs/free/linux-64::tk-8.5.18-0wheel anaconda/pkgs/free/linux-64::wheel-0.29.0-py36_0xz anaconda/pkgs/free/linux-64::xz-5.2.3-0zlib anaconda/pkgs/free/linux-64::zlib-1.2.11-0Proceed ([y]/n)?Downloading and Extracting Packages
numpy-1.13.1         | 7.2 MB | ################################################################################################################################# | 100%
blas-1.0 | 6 KB | ################################################################################################################################# | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate myenv
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate

对于某些不能用的镜像,会在下载repodata.json时失效,出现如下所示的报错

conda create -n myenv ggtree
Collecting package metadata (current_repodata.json): failedCondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64/current_repodata.json>
Elapsed: -An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
ConnectionError(ReadTimeoutError("HTTPSConnectionPool(host='mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn', port=443): Read timed out.",),)

此时我们就需要确认下该镜像是失效了,还是因为网络原因,如果失效的话,就考虑删除这个镜像。

当网络波动时,会出现下载失败的情况,报错如下

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/win-64/mkl-2020.2-256.conda>
Elapsed: -An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.

此时镜像本身是没问题的,就是下载速度慢,导致下载失败,只需要多试几次即可。

对于channels而言,我们需要学会新增和删除,对应的操作如下

1. 删除

conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

2. 增加

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

config子命令的本质是在操作.condarc这个配置文件,所以我们直接在这个配置文件里进行修改也是可以的,condarc的内容示例如下

channels:- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/- defaults
ssl_verify: false
show_channel_urls: true

修改镜像的使用场景有以下两种,第一种是使用国内镜像,提高下载速度,第二种是为了下载特定镜像才包含的packages。镜像的修改非常简单,关键是要理解镜像的本质。

·end·

—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

原创不易,欢迎收藏,点赞,转发!生信知识浩瀚如海,在生信学习的道路上,让我们一起并肩作战!

本公众号深耕耘生信领域多年,具有丰富的数据分析经验,致力于提供真正有价值的数据分析服务,擅长个性化分析,欢迎有需要的老师和同学前来咨询。

更多精彩

  • KEGG数据库,除了pathway你还知道哪些

  • 全网最完整的circos中文教程

  • DNA甲基化数据分析专题

  • 突变检测数据分析专题

  • mRNA数据分析专题

  • lncRNA数据分析专题

  • circRNA数据分析专题

  • miRNA数据分析专题

  • 单细胞转录组数据分析专题

  • chip_seq数据分析专题

  • Hi-C数据分析专题

  • HLA数据分析专题

  • TCGA肿瘤数据分析专题

  • 基因组组装数据分析专题

  • CNV数据分析专题

  • GWAS数据分析专题

  • 2018年推文合集

  • 2019年推文合集

写在最后

转发本文至朋友圈,后台私信截图即可加入生信交流群,和小伙伴一起学习交流。

扫描下方二维码,关注我们,解锁更多精彩内容!

一个只分享干货的

生信公众号

解密conda channels相关推荐

  1. Conda channels配置

    bioconda安装及镜像设置 # 添加channels命令 conda config --add channels 镜像链接# 删除channels命令 conda config --remove ...

  2. 【已解决】conda install问题:UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible

    文章目录 前言 问题描述 尝试1(失败) 尝试2(成功) 小结 参考文献 前言 创作开始时间:2021年6月30日16:11:33 如题,解决conda install下载的时候的问题: Unsati ...

  3. Anaconda 使用的一些体验与困惑

    Channels 使用 需要注意的是做生信分析的童鞋使用 conda 环境时一定要特别注意 conda channels 的设置,滥用 channels 很有可能会导致你的软件升降级(甚至环境)错乱. ...

  4. anaconda python降级_anaconda 使用的一些体验与困惑

    1. channels 使用 需要注意的是做生信分析的童鞋使用 conda 环境时一定要特别注意 conda channels 的设置,滥用 channels 很有可能会导致你的软件升降级(甚至环境) ...

  5. Apple M1 上安装tensorflow开发环境

    文章目录 说明 conda, minconda, miniforge的关系 Conda vs Pip 安装步骤 遇到的问题 tensorflow.keras没有正确安装上 参考链接 说明 由于目前An ...

  6. conda安装python虚拟环境+配置channels

    配置好channels环境,在C:\Users\[ASUS]下,ASUS是你的用户名,进入后加上如下的channels ssl_verify: true channels:- https://mirr ...

  7. conda的一个坑。channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch - https://mirro

    在conda中会遇到error code:404或者403问题.这个时候是需要换源,可能conda的源挂了 . vim ~/.condarc 输入以下内容: channels: - https://m ...

  8. 安装pytorch报错【报错解决】To search for alternate channels that may provide the conda package you‘relooking

    在跟着视频安装pytorch时总是不成功 To search for alternate channels that may provide the conda package you'relooki ...

  9. conda导包问题之To search for alternate channels

    conda导包问题之To search for alternate channels 一.问题 近期通过conda导pycuda包时出现以下提示,导致导包不成功: 二.解决步骤: 其实提示中已经给出方 ...

最新文章

  1. c语言中获取用户控制台,【图片】【C语言】【控制台】提取腾讯通用户信息(id,用户名,手机)【erbi_lucifer吧】_百度贴吧...
  2. openfiler的iSCSI配置(二)
  3. python闪光培训班 费用-Python tk 按钮颜色
  4. java app log4j 配置_Java-未加载log4j2配置
  5. 向量加减法首尾规律_向量加减口诀首尾相接
  6. Android Studio安装Flutter
  7. 华为ensp命令大全_电脑网络:华为交换机基础知识及基本命令配置大全,新手的福音...
  8. jquery 图像滑块_10个很棒的jQuery图像滑块插件
  9. java期中 考试_java期中考试题
  10. 数据结构c语言版编程软件,数据结构严蔚敏4版PDF下载_数据结构C语言版严蔚敏下载 完整版_当载软件站...
  11. linux服务端 完美世界 下载,完美世界私服教程完美服务端关于TWGM登陆问题解决...
  12. 记一次跟突破360主机卫士上传
  13. 手机logging什么意思_手机logging怎么关闭
  14. 美国计算机金融排名大学排名,2018usnews美国大学金融专业研究生top30排名
  15. php执行fastlane,fastlane使用说明
  16. WinSxS目录下文件的清除
  17. 2015最新iherb海淘攻略-图文入门教程
  18. 小学生体测测试环境怎么填_2016年国家学生体质健康测试数据上报工作说明
  19. 熟练掌握R语言的Meta分析全流程和不确定性分析,并结合机器学习等方法讲解Meta分析在文献大数据的延伸应用
  20. 谷歌应用商店APP的分析

热门文章

  1. 为什么选择玩足球彩票以及玩彩票的心态?
  2. nightwatch系列教程05——Nightwatch配置详解
  3. nightwatch + selenium 基于浏览器的web自动化测试 教程(一)
  4. [AV1] Palette Intra Prediction
  5. FastReport Online Designer中文教程:数据处理
  6. 管理与技术之间的徘徊
  7. Java进阶书籍推荐
  8. viewpager嵌套viewpager
  9. 选中表格行高亮html,table选中的行以指定颜色高亮显示
  10. 为王菲写的第三首歌《中华情》