解密conda channels
欢迎关注”生信修炼手册”!
channels是conda下载包的镜像网站,通过如下命令可以查看已有的channels
conda config --show channels
channels:- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/- defaults
以清华的镜像为例
>https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
每个url对应的是不同操作系统平台的文件夹
在操作系统对应的目录下,是具体的安装包,后缀为tar.bz2
>https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64/
在这些安装包中,有一个比较特殊repodata.json, 存储了该目录下包含的所有包的名称,依赖,md5等信息
部分内容如下
{"info": {"arch": "x86_64","platform": "linux","subdir": "linux-64"},"packages": {"_libgcc_mutex-0.1-free.tar.bz2": {"build": "free","build_number": 0,"date": "2019-07-01","depends": [],"md5": "f7d7639c8485ae4701aeb6add534a774","name": "_libgcc_mutex","size": 3129,"timestamp": 1562011672620,"track_features": "free_channel_libgcc","version": "0.1"},"_license-1.1-py27_0.tar.bz2": {"build": "py27_0","build_number": 0,"date": "2013-03-01","depends": ["python 2.7*"],
在安装包的时候,conda会依次遍历所有的channnels,通过repodata来查找该channel是否包含需要下载的packages, 一个基本的安装过程如下
conda create -n myenv numpy
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done## Package Plan ##environment location: /media/gsadmin/vd1/heguangliang/bcbio3/anaconda/envs/myenvadded / updated specs:- numpyThe following packages will be downloaded:package | build---------------------------|-----------------blas-1.0 | mkl 6 KB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freenumpy-1.13.1 | py36_0 7.2 MB https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free------------------------------------------------------------Total: 7.2 MBThe following NEW packages will be INSTALLED:blas anaconda/pkgs/free/linux-64::blas-1.0-mklcertifi anaconda/pkgs/free/linux-64::certifi-2016.2.28-py36_0mkl anaconda/pkgs/free/linux-64::mkl-2017.0.3-0numpy anaconda/pkgs/free/linux-64::numpy-1.13.1-py36_0openssl anaconda/pkgs/free/linux-64::openssl-1.0.2l-0pip anaconda/pkgs/free/linux-64::pip-9.0.1-py36_1python anaconda/pkgs/free/linux-64::python-3.6.2-0readline anaconda/pkgs/free/linux-64::readline-6.2-2setuptools anaconda/pkgs/free/linux-64::setuptools-36.4.0-py36_1sqlite anaconda/pkgs/free/linux-64::sqlite-3.13.0-0tk anaconda/pkgs/free/linux-64::tk-8.5.18-0wheel anaconda/pkgs/free/linux-64::wheel-0.29.0-py36_0xz anaconda/pkgs/free/linux-64::xz-5.2.3-0zlib anaconda/pkgs/free/linux-64::zlib-1.2.11-0Proceed ([y]/n)?Downloading and Extracting Packages
numpy-1.13.1 | 7.2 MB | ################################################################################################################################# | 100%
blas-1.0 | 6 KB | ################################################################################################################################# | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate myenv
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
对于某些不能用的镜像,会在下载repodata.json时失效,出现如下所示的报错
conda create -n myenv ggtree
Collecting package metadata (current_repodata.json): failedCondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64/current_repodata.json>
Elapsed: -An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
ConnectionError(ReadTimeoutError("HTTPSConnectionPool(host='mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn', port=443): Read timed out.",),)
此时我们就需要确认下该镜像是失效了,还是因为网络原因,如果失效的话,就考虑删除这个镜像。
当网络波动时,会出现下载失败的情况,报错如下
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/win-64/mkl-2020.2-256.conda>
Elapsed: -An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
此时镜像本身是没问题的,就是下载速度慢,导致下载失败,只需要多试几次即可。
对于channels而言,我们需要学会新增和删除,对应的操作如下
1. 删除
conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
2. 增加
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
config子命令的本质是在操作.condarc这个配置文件,所以我们直接在这个配置文件里进行修改也是可以的,condarc的内容示例如下
channels:- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/- defaults
ssl_verify: false
show_channel_urls: true
修改镜像的使用场景有以下两种,第一种是使用国内镜像,提高下载速度,第二种是为了下载特定镜像才包含的packages。镜像的修改非常简单,关键是要理解镜像的本质。
·end·
—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—
原创不易,欢迎收藏,点赞,转发!生信知识浩瀚如海,在生信学习的道路上,让我们一起并肩作战!
本公众号深耕耘生信领域多年,具有丰富的数据分析经验,致力于提供真正有价值的数据分析服务,擅长个性化分析,欢迎有需要的老师和同学前来咨询。
更多精彩
KEGG数据库,除了pathway你还知道哪些
全网最完整的circos中文教程
DNA甲基化数据分析专题
突变检测数据分析专题
mRNA数据分析专题
lncRNA数据分析专题
circRNA数据分析专题
miRNA数据分析专题
单细胞转录组数据分析专题
chip_seq数据分析专题
Hi-C数据分析专题
HLA数据分析专题
TCGA肿瘤数据分析专题
基因组组装数据分析专题
CNV数据分析专题
GWAS数据分析专题
2018年推文合集
2019年推文合集
写在最后
转发本文至朋友圈,后台私信截图即可加入生信交流群,和小伙伴一起学习交流。
扫描下方二维码,关注我们,解锁更多精彩内容!
一个只分享干货的
生信公众号
解密conda channels相关推荐
- Conda channels配置
bioconda安装及镜像设置 # 添加channels命令 conda config --add channels 镜像链接# 删除channels命令 conda config --remove ...
- 【已解决】conda install问题:UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible
文章目录 前言 问题描述 尝试1(失败) 尝试2(成功) 小结 参考文献 前言 创作开始时间:2021年6月30日16:11:33 如题,解决conda install下载的时候的问题: Unsati ...
- Anaconda 使用的一些体验与困惑
Channels 使用 需要注意的是做生信分析的童鞋使用 conda 环境时一定要特别注意 conda channels 的设置,滥用 channels 很有可能会导致你的软件升降级(甚至环境)错乱. ...
- anaconda python降级_anaconda 使用的一些体验与困惑
1. channels 使用 需要注意的是做生信分析的童鞋使用 conda 环境时一定要特别注意 conda channels 的设置,滥用 channels 很有可能会导致你的软件升降级(甚至环境) ...
- Apple M1 上安装tensorflow开发环境
文章目录 说明 conda, minconda, miniforge的关系 Conda vs Pip 安装步骤 遇到的问题 tensorflow.keras没有正确安装上 参考链接 说明 由于目前An ...
- conda安装python虚拟环境+配置channels
配置好channels环境,在C:\Users\[ASUS]下,ASUS是你的用户名,进入后加上如下的channels ssl_verify: true channels:- https://mirr ...
- conda的一个坑。channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch - https://mirro
在conda中会遇到error code:404或者403问题.这个时候是需要换源,可能conda的源挂了 . vim ~/.condarc 输入以下内容: channels: - https://m ...
- 安装pytorch报错【报错解决】To search for alternate channels that may provide the conda package you‘relooking
在跟着视频安装pytorch时总是不成功 To search for alternate channels that may provide the conda package you'relooki ...
- conda导包问题之To search for alternate channels
conda导包问题之To search for alternate channels 一.问题 近期通过conda导pycuda包时出现以下提示,导致导包不成功: 二.解决步骤: 其实提示中已经给出方 ...
最新文章
- c语言中获取用户控制台,【图片】【C语言】【控制台】提取腾讯通用户信息(id,用户名,手机)【erbi_lucifer吧】_百度贴吧...
- openfiler的iSCSI配置(二)
- python闪光培训班 费用-Python tk 按钮颜色
- java app log4j 配置_Java-未加载log4j2配置
- 向量加减法首尾规律_向量加减口诀首尾相接
- Android Studio安装Flutter
- 华为ensp命令大全_电脑网络:华为交换机基础知识及基本命令配置大全,新手的福音...
- jquery 图像滑块_10个很棒的jQuery图像滑块插件
- java期中 考试_java期中考试题
- 数据结构c语言版编程软件,数据结构严蔚敏4版PDF下载_数据结构C语言版严蔚敏下载 完整版_当载软件站...
- linux服务端 完美世界 下载,完美世界私服教程完美服务端关于TWGM登陆问题解决...
- 记一次跟突破360主机卫士上传
- 手机logging什么意思_手机logging怎么关闭
- 美国计算机金融排名大学排名,2018usnews美国大学金融专业研究生top30排名
- php执行fastlane,fastlane使用说明
- WinSxS目录下文件的清除
- 2015最新iherb海淘攻略-图文入门教程
- 小学生体测测试环境怎么填_2016年国家学生体质健康测试数据上报工作说明
- 熟练掌握R语言的Meta分析全流程和不确定性分析,并结合机器学习等方法讲解Meta分析在文献大数据的延伸应用
- 谷歌应用商店APP的分析