GPL对应的Bioconductor注释包(最全)

这个是我自己通过代码查找到的GPL对应的bioconductor的注释包，如果是能够找到的话，那么就是这个GPL平台号有应的注释包，如果在这里没有找到的话，那就应该是没有的咯。

一个比较简单实用的方法，在这个网页下，直接快捷键 Ctrl + F, 然后输入你的平台号，就可以快速找到你要的注释包名称了。

至于我如何得到的这个列表，看最底下的代码。

没找到注释包的话，其实你也不要担心，你可以用getGEO 来下载注释信息，进而也能够转换ID。（详细的，以后再看看写不写呗）

gpl96 <- getGEO(‘GPL96’, destdir=“.”) ##根据GPL号下载的是芯片设计的信息！

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gpl	bioc_package	title
GPL32	mgu74a	[MG_U74A] Affymetrix Murine Genome U74A Array
GPL33	mgu74b	[MG_U74B] Affymetrix Murine Genome U74B Array
GPL34	mgu74c	[MG_U74C] Affymetrix Murine Genome U74C Array
GPL71	ag	[AG] Affymetrix Arabidopsis Genome Array
GPL72	drosgenome1	[DrosGenome1] Affymetrix Drosophila Genome Array
GPL74	hcg110	[HC_G110] Affymetrix Human Cancer Array
GPL75	mu11ksuba	[Mu11KsubA] Affymetrix Murine 11K SubA Array
GPL76	mu11ksubb	[Mu11KsubB] Affymetrix Murine 11K SubB Array
GPL77	mu19ksuba	[Mu19KsubA] Affymetrix Murine 19K SubA Array
GPL78	mu19ksubb	[Mu19KsubB] Affymetrix Murine 19K SubB Array
GPL79	mu19ksubc	[Mu19KsubC] Affymetrix Murine 19K SubC Array
GPL80	hu6800	[Hu6800] Affymetrix Human Full Length HuGeneFL Array
GPL81	mgu74av2	[MG_U74Av2] Affymetrix Murine Genome U74A Version 2 Array
GPL82	mgu74bv2	[MG_U74Bv2] Affymetrix Murine Genome U74B Version 2 Array
GPL83	mgu74cv2	[MG_U74Cv2] Affymetrix Murine Genome U74 Version 2 Array
GPL85	rgu34a	[RG_U34A] Affymetrix Rat Genome U34 Array
GPL86	rgu34b	[RG_U34B] Affymetrix Rat Genome U34 Array
GPL87	rgu34c	[RG_U34C] Affymetrix Rat Genome U34 Array
GPL88	rnu34	[RN_U34] Affymetrix Rat Neurobiology U34 Array
GPL89	rtu34	[RT_U34] Affymetrix Rat Toxicology U34 Array
GPL90	ygs98	[YG_S98] Affymetrix Yeast Genome S98 Array
GPL91	hgu95av2	[HG_U95A] Affymetrix Human Genome U95A Array
GPL92	hgu95b	[HG_U95B] Affymetrix Human Genome U95B Array
GPL93	hgu95c	[HG_U95C] Affymetrix Human Genome U95C Array
GPL94	hgu95d	[HG_U95D] Affymetrix Human Genome U95D Array
GPL95	hgu95e	[HG_U95E] Affymetrix Human Genome U95E Array
GPL96	hgu133a	[HG-U133A] Affymetrix Human Genome U133A Array
GPL97	hgu133b	[HG-U133B] Affymetrix Human Genome U133B Array
GPL98	hu35ksuba	[Hu35KsubA] Affymetrix Human 35K SubA Array
GPL99	hu35ksubb	[Hu35KsubB] Affymetrix Human 35K SubB Array
GPL100	hu35ksubc	[Hu35KsubC] Affymetrix Human 35K SubC Array
GPL101	hu35ksubd	[Hu35KsubD] Affymetrix Human 35K SubD Array
GPL198	ath1121501	[ATH1-121501] Affymetrix Arabidopsis ATH1 Genome Array
GPL199	ecoli2	[Ecoli_ASv2] Affymetrix E. coli Antisense Genome Array
GPL200	celegans	[Celegans] Affymetrix C. elegans Genome Array
GPL201	hgfocus	[HG-Focus] Affymetrix Human HG-Focus Target Array
GPL339	moe430a	[MOE430A] Affymetrix Mouse Expression 430A Array
GPL340	mouse4302	[MOE430B] Affymetrix Mouse Expression 430B Array
GPL341	rae230a	[RAE230A] Affymetrix Rat Expression 230A Array
GPL342	rae230b	[RAE230B] Affymetrix Rat Expression 230B Array
GPL570	hgu133plus2	[HG-U133_Plus_2] Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array
GPL571	hgu133a2	[HG-U133A_2] Affymetrix Human Genome U133A 2.0 Array
GPL886	hgug4111a	Agilent-011871 Human 1B Microarray G4111A (Feature Number version)
GPL887	hgug4110b	Agilent-012097 Human 1A Microarray (V2) G4110B (Feature Number version)
GPL1261	mouse430a2	[Mouse430_2] Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array
GPL1318	xenopuslaevis	[Xenopus_laevis] Affymetrix Xenopus laevis Genome Array
GPL1319	zebrafish	[Zebrafish] Affymetrix Zebrafish Genome Array
GPL1322	drosophila2	[Drosophila_2] Affymetrix Drosophila Genome 2.0 Array
GPL1352	u133x3p	[U133_X3P] Affymetrix Human X3P Array
GPL1355	rat2302	[Rat230_2] Affymetrix Rat Genome 230 2.0 Array
GPL1708	hgug4112a	Agilent-012391 Whole Human Genome Oligo Microarray G4112A (Feature Number version)
GPL2112	bovine	[Bovine] Affymetrix Bovine Genome Array
GPL2529	yeast2	[Yeast_2] Affymetrix Yeast Genome 2.0 Array
GPL2891	h20kcod	GE Healthcare/Amersham Biosciences CodeLink™ UniSet Human 20K I Bioarray
GPL2898	adme16cod	GE Healthcare/Amersham Biosciences CodeLink™ ADME Rat 16-Assay Bioarray
GPL3154	ecoli2	[E_coli_2] Affymetrix E. coli Genome 2.0 Array
GPL3213	chicken	[Chicken] Affymetrix Chicken Genome Array
GPL3533	porcine	[Porcine] Affymetrix Porcine Genome Array
GPL3738	canine2	[Canine_2] Affymetrix Canine Genome 2.0 Array
GPL3921	hthgu133a	[HT_HG-U133A] Affymetrix HT Human Genome U133A Array
GPL3979	canine	[Canine] Affymetrix Canine Genome 1.0 Array
GPL4032		[Maize] Affymetrix Maize Genome Array
GPL4191	h10kcod	CodeLink UniSet Human I Bioarray
GPL5188	huex10sttranscriptcluster	[HuEx-1_0-st] Affymetrix Human Exon 1.0 ST Array [probe set (exon) version]
GPL5689	hgug4100a	Agilent Human 1 cDNA Microarray (G4100A) [layout C]
GPL6097	illuminaHumanv1	Illumina human-6 v1.0 expression beadchip
GPL6102	illuminaHumanv2	Illumina human-6 v2.0 expression beadchip
GPL6244	hugene10sttranscriptcluster	[HuGene-1_0-st] Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array [transcript (gene) version]
GPL6246	mogene10sttranscriptcluster	[MoGene-1_0-st] Affymetrix Mouse Gene 1.0 ST Array [transcript (gene) version]
GPL6885	illuminaMousev2	Illumina MouseRef-8 v2.0 expression beadchip
GPL6947	illuminaHumanv3	Illumina HumanHT-12 V3.0 expression beadchip
GPL8300	hgu95av2	[HG_U95Av2] Affymetrix Human Genome U95 Version 2 Array
GPL8321	mouse430a2	[Mouse430A_2] Affymetrix Mouse Genome 430A 2.0 Array
GPL8490	IlluminaHumanMethylation27k	Illumina HumanMethylation27 BeadChip (HumanMethylation27_270596_v.1.2)
GPL10558	illuminaHumanv4	Illumina HumanHT-12 V4.0 expression beadchip
GPL11532	hugene11sttranscriptcluster	[HuGene-1_1-st] Affymetrix Human Gene 1.1 ST Array [transcript (gene) version]
GPL13497	HsAgilentDesign026652	Agilent-026652 Whole Human Genome Microarray 4x44K v2 (Probe Name version)
GPL13534	IlluminaHumanMethylation450k	Illumina HumanMethylation450 BeadChip (HumanMethylation450_15017482)
GPL13667	hgu219	[HG-U219] Affymetrix Human Genome U219 Array
GPL14877	hgu133plus2	Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array [Brainarray Version 13, HGU133Plus2_Hs_ENTREZG]
GPL15380	GGHumanMethCancerPanelv1	Illumina Sentrix Array Matrix (SAM) - GoldenGate Methylation Cancer Panel I
GPL15396	hthgu133b	[HT_HG-U133B] Affymetrix HT Human Genome U133B Array [custom CDF: ENTREZ brainarray v. 14]
GPL17556	hugene10sttranscriptcluster	[HuGene-1_0-st] Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array [HuGene10stv1_Hs_ENTREZG_17.0.0]
GPL17897	hthgu133a	[HT_HG-U133A] Affymetrix Human Genome U133A Array (custom CDF: HTHGU133A_Hs_ENTREZG.cdf version 17.0.0)
GPL18190	hugene11sttranscriptcluster	[HuGene-1_1-st] Affymetrix Human Gene 1.1 ST Array [CDF: Brainarray HuGene11stv1_Hs_ENTREZG_15.1.0]

这个代码的来源地址是在：
https://grokbase.com/t/r/bioconductor/10346g1y52/bioc-annotation-for-a-geo-data-set

只不过这里的情况是，getSQLiteFile()这一步下载数据很大（大概在540MB），用R下载的时候会比较慢，然后解压出来的文件达到8GB。所以如果你的电脑内存少于8GB，就不建议你去运行这个代码了。

library(GEOmetadb)
sqlfile = getSQLiteFile()
con = dbConnect("SQLite",sqlfile)
Y = dbGetQuery(con,"select gpl,title,bioc_package from gpl where gpl='GPL570'"") #找到GPL570对应的R包。
#Then, you are off to the races....
biocLite('hgu133plus2.db')

我的代码如下，但是前提是你得先去用下载这个sql文件，该文件的下载地址（可以这里直接点击下载）是
http://starbuck1.s3.amazonaws.com/sradb/GEOmetadb.sqlite.gz

下载完成后要解压这个文件，最后的文件名应该是GEOmetadb.sqlite, 可能以后这个会改，注意一下代码里面的文件名和路径就是了。

library(GEOmetadb)
con <- dbConnect(SQLite(), "GEOmetadb.sqlite/GEOmetadb.sqlite")
dat <- dbGetQuery(con, "select * from metaInfo")
#dbDisconnect(con)Y = dbGetQuery(con,"select gpl,title,bioc_package from gpl")
Y = na.omit(Y)

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