图形化开放式生信分析系统开发 - 7 分析报告的模板定制与自动生成

前文链接：

图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 1 需求分析及技术实现
图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 2 样本信息处理
图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 3 生信分析流程的进化
图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 4 生信分析流程的图形化
图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 5 生信分析流程服务器端运行
图形化开放式生信分析云平台产品开发 - 6 生信分析流程批量运行与过程控制

在前文中描述了生信分析流程的整个设计、图形化、服务器端运行、批量运行与过程控制（手动停止，恢复运行、覆盖运行），本文尝试解决分析报告的模板定制与自动生成。

软件获取：官网sliverworkspace.com免费下载个人版，最新版本 2.0.277363

需求分析：

报告模板版式设计(视图)：
- 封面
- 配色
- Logo
- 联系方式
- 页眉页脚
分析流程的输出数据(数据)：
- 通用信息：样本信息、患者信息、日期信息、检测项目、报告编号等等。

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-5as87s3T-1571713440404)(https://i.loli.net/2019/10/18/eiQsRqtD6uwVHKB.png)]

分析流程输出的数据：如肿瘤项目中的SNV，CNV，SV等；可以是一个标准数据集，也可以是多个。

下面是分析流程中SV的输出结果：根据项目需要定义，实际上还会加上各种关联的数据库的数据，也可以实现：
分析流程输出图表：分析流程输出的图表，图片；最终显示在报告上面。

报告的自动生成，就是将分析流程的输出数据用模版填充，并提供下载。

技术选型

这里可以选择的技术大致有两种：

将数据渲染显示为Web端（即网页）的形式，需要时候打印为PDF下载，这是最常用的方式。优点是下载之前可以预览报告，便于调整。缺点是，个性化定制能力稍差，调整范围不大。如果项目很多，则基本上共用一套模板，最多在颜色、字体上做些调整。就像某老板讲的从报告上一看就知道你用了哪套程序，同质化严重
模板格式直接使用Office Word格式，由word设计模板版式，下载的时候填充数据，下载之后打开预览。优点是，毕竟word的使用门槛比设计web网页低得多。设计的灵活性大的多。而且，下载之后还可以人工修改、打印成PDF格式。缺点是，下载之前没有办法预览，没有web端显示那么直观。

经过反复比对，为了提高整个平台的灵活性，避免过度同质化，这里采用Office Word文件格式来实现报告模板的定制与报告生成。

技术实现

要将设计好的word格式文件，作为模板使用，就需要一套语法，将准备好的数据集用变量显示，生成报告的时候用实际数据替换变量得到报告。

这里举一个简单的例子：

如下图，年龄字段这里做了简单的逻辑判断，如果patient.patientAge==null显示为""空字符，如果patient.patientAge!=null则直接显示patient.patientAge对应的数值。

如下图：

通用数据格式，按照以上形式拼写：${变量名.属性名}来表示相应的值，对于分析流程输出的数据集，也需要设计好语法，与之对应。

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-BgUCcxAK-1571713440405)(https://i.loli.net/2019/10/18/or6n4D1guW5adip.png)]

对应的数据如下图，实际上还会加上各种关联的数据库的数据，如有需要也可以实现。：

CNV分析输出的图片插入模板：

对应字段${image[‘cnv_scatter.png’]}输出报告后如下图：

您可以下载PPT或加QQ群:853718264讨论