一.安装下载单细胞数据的工具

1.下载数据所用工具prefetch,它在sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz工具中(我的是centos,根据你的服务器自己选择)

网址：Download : Software : Sequence Read Archive : NCBI/NLM/NIH

下载：

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz

解压：

# -C参数 解压到指定文件夹
tar -zxvf sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz -C /root/biosoft

加入环境变量：

vi .bashrc
export PATH=$PATH:/root/biosoft/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64/bin
source .bashrc

此时输入prefetch会报错，还差一步：

#  在报错信息中会让敲这个
vdb-config --interactive

上面代码运行后，会出现一个页面，直接默认，然后就在yes or no里选择，最终问你是否保存设置，按yes;输入prefetch后如下图所示，安装成功，可以开始下载数据啦！

二.下载单细胞数据

1.下载方式：

prefetch SRA编号

下图中这是笨办法，适合不是很熟悉shell脚本命令的

可以构建一个文件，这个文件只包含上图中第二列，然后写一句循环代码就行了，这个是更好的方法，等慢慢熟悉了，我在补上（笑哭）

至此，下载sra数据库单细胞数据整个过程就记录完毕了

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