关于vcf文件的读取

vcf文件是生物信息学对SNP和indel进行数据分析不可绕开的一种文件格式，但是作为一种不常见的文件格式，我们时常需要对其编写代码来对其进行读取。

class Record(object):'''One line information in vcf file'''def __init__(self, line):info = line.split("\t")self.line = lineself.CHROM =  info[0] self.POS = info[1]self.ID = info[2]self.REF = info[3]self.ALT = info[4]self.QUAL = info[5]self.FILTER = info[6]self.INFO = [{pair_lst[0]: pair_lst[1] if len(pair_lst)> 1 else ""} for pair_lst in [pair.split("=") for pair in info[7].split(";")]]self.FORMAT = info[8].split(":")self.sample_num = len(info) -7self.GT = []for i in range(2):GT_value = info[8 + i +1].split(":") GT_dict = {}for g in range(len(GT_value)):GT_dict[self.FORMAT[g]] = GT_value[g] self.GT.append(GT_dict) class VCF(object):'''VCF class, read VCF, write VCF, get VCF information'''def __init__(self, uncompress_vcf):self.header = []self.reader = open(uncompress_vcf, 'r')self.line = self.reader.readline().strip()while self.line.startswith('#'):self.header.append(self.line)self.line = self.reader.readline().strip()self.record = Record(self.line) def __iter__(self): return self def __next__(self): self.line = self.reader.readline().strip()if self.line != "":self.record = Record(self.line) return self.recordelse:self.reader.close()raise StopIteration()def reader_close(self):self.reader.close()

通过这个类我们可以对vcf文件进行读取。
粗略地看似乎没有什么问题，但是运行起来就会报出一个错误。`

这个错误表示列表中只有一个元素。但是这非常奇怪，因为我们所知vcf文件有非常多的数据，如CHROM,ID,POS,REF等等等。
原因在于，虽然我们看上去这个文件有许多的列，每一列是由空格分隔。但事实上把这些文件放入excel中我们就可以知道，这每一行的所有数据其实都只是放在了excel表格的第一个格子中。因此利用这个类读取vcf数据，list[0]不会报错，而list[1]开始就没有数据了。
所以还是乖乖地用pyvcf这个库吧！

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