今天是生信星球陪你的第435天

大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

豆豆写于19.8.23
最近经常遇到在Rstudio中安装Python出错的问题，比如Seurat、Monocle都需要用到Python的模块，搜索并探索了一下：https://cran.r-project.org/web/packages/reticulate/vignettes/python_packages.html
这里写了不需要管理员权限的方法
基于管理员权限的可以看一下：单细胞Seurat包升级之2,700 PBMCs分析(下)https://www.jianshu.com/p/b46b6b6d344f 其中有介绍

前言

分析单细胞数据经常会用到一些降维聚类的优秀算法，比如UMAP、louvain，而它们都是利用python写的，我们需要下载Python程序到Rstudio中运行，其实R已经给我们提供了一些帮助，这里就来一起探索一下，应该怎么安装一个Python包

安装reticulate

这个来自CRAN的R包是首要因素，所有的python包都要通过这个进行下载安装，相当于一个R-Python接口 ，有了它，就能用py_install()安装python程序

install.packages('reticulate')library(reticulate)

先介绍Rstudio server、Mac Rstudio的操作

根据系统不同而分为两种不同的操作：对linux、mac是使用virtualenv；而Windows使用Anaconda

既然官方这么描述，我们也就这么跟着走

step1 拿到包，加载上，我们干的第一件事可能就是直接安装

reticulate::py_install("louvain")# 发生了报错# Error: Prerequisites for installing Python packages not available.

# Please install the following Python packages before proceeding: virtualenv

step2 说我们缺少一个部件：virtualenv，缺啥补啥，这个怎么安装？我也不知道，反之先运行一遍这个代码，看看提示再说：

virtualenv_create("r-reticulate")# Creating virtual environment 'r-reticulate' ...# Using python: /usr/bin/python2.7# Error: tools for managing Python virtual environments are not installed.# # Install virtualenv with:#   $ /usr/bin/python2.7 -m pip install --upgrade --user virtualenv

step3 虽然有意料之中的报错，但是最后一句是重点，告诉了我们怎么安装`virtualenv`：

/usr/bin/python2.7 -m pip install --upgrade --user virtualenv

step4 再次运行`virtualenv_create`

virtualenv_create("r-reticulate")# Creating virtual environment 'r-reticulate' ...# Using python: /usr/bin/python2.7# No LICENSE.txt / LICENSE found in source# New python executable in /home/jmzeng/.virtualenvs/r-reticulate/bin/python2.7# Also creating executable in /home/jmzeng/.virtualenvs/r-reticulate/bin/python# Installing setuptools, pip, wheel...# done.

step5 安装想要的包

virtualenv_install("r-reticulate", "louvain")

step6 重要一步—重启

然后检查一下：看到这里的python各种路径改成virtualenv的就可以了

py_config()

自己可以尝试一下安装UMAP：py_install(packages ='umap-learn')

最后是Windows的操作

Windows需要使用conda安装

下载、安装、激活conda就不多说，一切默认、yes即可

然后配置也是类似上面virtualenv

# 首先创建一个环境library(reticulate)conda_create("r-reticulate")# 然后安装conda_install(envname = "r-reticulate", packages="louvain")# 配置个人python的路径(视个人情况修改)use_python("~/miniconda3/envs/r-reticulate/lib/python3.7/site-packages/")# RETICULATE_PYTHON="~/miniconda3/envs/r-reticulate/bin/python3"

重点依旧是重启！重启！否则Rstudio不会这么智能判断新安装的Python位置

重启之后：py_config()检查，只要不是系统原来默认的Python路径，就可以了

同样的，安装一下umap-learn试试，最后能library(umap) 或者用其他函数能调用了就说明搞定

?

初学生信，很荣幸带你迈出第一步。

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