查看fna文件Linux,NCBI上基因组文件格式及解释
最近在对于一些关于基因组的数据进行处理,发现如果在NCBI上下载一个物种例如E. coil的基因组序列之后,有很多并不常见的文件类型,例如.asn.faa.ffn.fna *.val 等等,处于好奇,特意去查了这些文件的意义是什么,总结如下:
*.asn = ASN.1 (Abstract Syntax Notation 1) file 是NCBI的一种特定格式,包括完整的注释信息,可以用如sequin等软件打开。
*.faa = FASTA Amino Acid file 全部蛋白序列文件
*.ffn = FASTA nucleotide coding regions file 全部核酸序列文件
*.fna = FASTA Nucleic Acid file 完整的基因组序列文件(一条序列)
*.gbk = GenBank flat file format 不用说了,genbank格式的基因组注释信息
*.ptt = Protein Table 包含各个CDS(coding sequence)的完整信息表(很有用,可以方便的导入excel等软件来看)
以上这些软件都是文本类型的文件,所以可以用记事本打开,但是更加建议使用notepad++打开,会保证格式不会变化。
其中*.val是一个二进制格式的文件。
*.val = Nucleotide sequence, in ASN.1 binary format(ASN.1二进制的核苷酸序列)
我本次使用的文件类型是.fna,也就是一条完整的基因组序列文件。
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