PacBio三代甲基化分析流程(不包含序列组装)

PacBio三代甲基化分析流程--不包含序列组装

流程
流程如下:
- 比对

这几天用的新的PacBio公司的SMRTLink流程软件跑了一下实验室的甲基化数据分析,因为公司给的好多数据对不上,因此用对应的版本跑一下试一试.这里我用到了两个版本的SMRTLink,分别是11代的以及10.1代的.
主要也是因为遇到了这个问题:

#运行ipdSummary之后出现这个提示报错:
this feature requires a PacBio BAM index

这个枸批居然在第11代版本的时候玩了个小心思…必须要用他们家的创建一个BAM的索引
PacBio公司SMRTLink下载链接:SMRTLink

流程

流程基本上不变,与穆易青大佬的甲基化流程基本上一样.
都是先创建序列文件索引→比对→创建比对文件的索引→motifMaker.
不过11代版本之前的版本也存在不同的地方:
11代版本之前是使用samtools创建比对文件的索引
而11代版本之后则是必须使用pbindex创建比对文件的索引

流程如下:

比对

pbmm2 index align.fasta align.mmi
samtools faidx align.fasta align
pbmm2 align align.fasta align.bam aligned.bam --sort
pbindex aligned.bam
ipdSummary aligned.bam --reference align.fasta --gff aligned.gff --csv aligned.csv --numWorkers 16
motifMaker find -f align.fasta -g aligned.gff -o aligned.motifs.csv
motifMaker reprocess -f align.fasta -g aligned.gff -m aligned.motifs.csv -o aligned.motifs.gff

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