先说结论

首推 exFAT，无最大文件限制，而且在windows、linux、mac、ios下都可以使用
NTFS 无最大文件限制，不过只能在windows下读取数据，这种文件系统更适合于硬盘
FAT32 最不建议用，虽然可以在ios下读取，但是因为有4G最大文件限制，超过4G的单个文件无法放入U盘，太矫情

具体介绍

U盘格式一：FAT32格式：

Windows平台的传统文件格式，Windows 95第二版首次引入，取代FAT16(支持文件最大容量2GB)，兼容性很好，但缺点是对文件大小有限制，不支持超过4GB的文件。
所以，对于很多大型游戏、镜像文件、压缩包、视频，它是没有办法的。
另外，FAT32格式硬盘分区的最大容量为2TB，虽然U盘做不到，但是现在1xTB硬盘都有了，FAT32已经落后于时代，能不用就别用。
现在格式化U盘的时候，FAT32仍然是默认操作，Windows 10也是如此，更多是出于兼容性的保守考虑。

U盘格式二、NTFS格式：

Windows平台目前应用最广泛的格式，也是目前最好的，支持大容量文件和超大分区，而且有很多高级技术，包括长文件名、压缩分区、事件追踪、文件索引、高容错性、数据保护和恢复、加密访问等等。
但是，NTFS仍然是针对机械硬盘设计的，会记录详细的硬盘读写操作，因此对于闪存会有很大的负担和伤害，容易影响寿命。
闪存储存芯片读写次数是有限的，使用日志式文件系统的话，意味着所有对磁盘的操作都要记录日志。大量的小文件读写对于U盘的伤害是极大的，会缩短U盘寿命。

U盘格式三、exFAT格式：

是最适合U盘的文件格式，是微软为闪存U盘量身定制的，性能和技术支持很先进，同时针对闪存优化保护，不会造成多余的伤害。
它比NTFS简单，比FAT32支持的单个文件大，Vista开始系统都支持。
主要好处包括：增强台式机/笔记本、移动设备之间的互操作能力、单文件最大16EB、剩余空间分配表改善空间分配行、同一目录下最多65536个文件、支持访问控制。
当然，exFAT是专为U盘设计的，SSD虽然同样是闪存但不要用这种格式，还是用NTFS

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U盘格式选择 FAT32、exFAT、NTFS