【R语言 | 如何计算测序数据微生物种类的生态位宽度?如何解释结果】
R语言 | 如何计算测序数据微生物种类的生态位宽度?如何解释结果
- 参考见https://mp.weixin.qq.com/s/MAk7cEQNwUKCKRZ-6xFhbQ(通往学术之路公众号)
参考见https://mp.weixin.qq.com/s/MAk7cEQNwUKCKRZ-6xFhbQ(通往学术之路公众号)
install.packages(“vegan”)#安装vegan
library(vegan)#导入
library(permute)#安装相应的根据提示包
library(lattice)#安装相应的根据提示包
library(vegan)#导入vegan
data(dune,package=‘vegan’)#数据,vegan自带的数据
head(dune)#查看数据
niche_width<-dune#生态位宽度
boxplot(unlist(niche_width),xlab=“Total”,ylab=‘niche breadth index’)#观察它们的生态位宽度分布,箱线图
barplot(unlist(niche_width),xlab=“Total”,ylab=‘niche breadth index’)#具体的物种显示条形图
my_niche_width<-t(niche_width)#重新定义一个生态位宽度文件
write.csv(my_niche_width,“C:/Users/Administrator/Documents/niche_width.csv”)#把这个数据另存csv
my_<-as.data.frame(read.csv(“niche_width.csv”,header = TRUE))#读取这个文件
ggplot(data=my_envdata,aes(x=names,y=aboundant,fill=names))+geom_bar(stat=“identity”)+#这部分还没看懂,x轴是名字,y轴是丰富度
theme(axis.text.x = element_text(color = ‘black’, angle =45, hjust =0, vjust =0), axis.text.y = element_text(color = ‘black’))#画图,这个也没看懂。
【R语言 | 如何计算测序数据微生物种类的生态位宽度?如何解释结果】相关推荐
- R语言把dataframe数据转化为tibble格式、查看每个数据列的缺失值个数、使用数据列的均值对数据列的缺失值进行填充
R语言把dataframe数据转化为tibble格式.查看每个数据列的缺失值个数.使用数据列的均值对数据列的缺失值进行填充 目录
- R语言进行dataframe数据内连接(Inner join):使用R原生方法、data.table、dplyr等方案
R语言进行dataframe数据内连接(Inner join):使用R原生方法.data.table.dplyr等方案 目录 R语言进行dataframe数据内连接(Inner join):使用R原生 ...
- R语言可视化dataframe数据、并自定义设置坐标轴各个标签使用不同的色彩
R语言可视化dataframe数据.并自定义设置坐标轴各个标签使用不同的色彩 目录 R语言可视化dataframe数据.并自定义设置坐标轴各个标签使用不同的色彩
- R语言ggplot2可视化数据点注释、标签显示不全、发生边界截断问题解决实战
R语言ggplot2可视化数据点注释.标签显示不全.发生边界截断问题解决实战 目录 R语言ggplot2
- R语言进行dataframe数据左连接(Left join):使用R原生方法、data.table、dplyr等方案
R语言进行dataframe数据左连接(Left join):使用R原生方法.data.table.dplyr等方案 目录 R语言进行dataframe数据左连接(Left join):使用R原生方法 ...
- R语言构建文本分类模型并使用LIME进行模型解释实战:文本数据预处理、构建词袋模型、构建xgboost文本分类模型、基于文本训练数据以及模型构建LIME解释器解释多个测试语料的预测结果并可视化
R语言构建文本分类模型并使用LIME进行模型解释实战:文本数据预处理.构建词袋模型.构建xgboost文本分类模型.基于文本训练数据以及模型构建LIME解释器解释多个测试语料的预测结果并可视化 目录
- R语言将dataframe数据从宽表(wide)变为长表(long)实战:tidyr包的gather函数、cdata包的unpivot_to_blocks函数、data.table使用melt函数
R语言将dataframe数据从宽表(wide)变为长表(long)实战:tidyr包的gather函数.cdata包的unpivot_to_blocks函数.data.table使用melt函数 目 ...
- R语言计算dataframe数据列中各分类的计数(类似pandas value_counts函数功能)
R语言计算dataframe数据列中各分类的计数(类似pandas value_counts函数功能) 目录 R语言计算dataframe数据列中各分类的计数(类似pandas value
- R语言sample函数数据对象采样实战
R语言sample函数数据对象采样实战 目录 R语言sample函数数据对象采样实战 #基本语法 #仿真数据
最新文章
- 几种任务调度的 Java 实现方法与比较
- ip地址子网划分工具_大型视频监控网络系统如何规划ip地址?
- 常用的数据结构-队列
- 阿姨帮万勇:O2O产品的颠覆与布局,阿姨帮未来发展战略独家披露
- jquery ajax node,jquery ajax post json and node express
- 实战渗透 | 向吃鸡外挂站开炮
- **【ci框架】精通CodeIgniter框架
- 温柔又有耐心的男孩最吸引人
- MySQL数据库无完整备份删库,除了跑路还能怎么办?
- 文字在状态栏上从右往左显示,而且是循环的
- Jquery跨域调用(JSONP)遇到error问题的解决
- 关于笔记本品牌的笑话!
- laravel数组转换为字符串_LeetCode刷题实战108:将有序数组转换为二叉搜索树
- [UML] 如何找参与者、找用例
- android 京东平板布局,京东商城上线安卓Pad客户端 完美布局移动端
- 学校计算机功能室使用登记表,学校各功能室使用情况登记表
- 【算力网络】算力网络的发展愿景及目标
- 【自动化测试】推荐一款超好用的ui自动化工具--uiautomator2
- Integer的equals方法
- [嵌入式基础]-arm架构和x86架构区别