复现NC图表:相关性分析气泡图(热图)---同时展示正负调控关系和显著性
还是继续复现NC图表,这幅图展示的是相关性分析结果,可以叫做气泡热图,我们之前说过热图也可以这么做(热图5:ggplot2画热图及个性化修饰)。相关性分析这里就不展示了,我们主要是复现这个图的做法,原文作者在supplement里提供了这个图的作图数据,直接使用。这个图的特点是一幅图里面即显示了正相关、也显示了负相关关系,以及P值,而且相关系数也用气泡大小表示出来。还有一个是P值的体现用的是离散型的数据。
image.png
(Reference:9p21 loss confers a cold tumor immune microenvironment and primary resistance to immune checkpoint therapy)
跟着我们公众号这么久了,我就不信你不会气泡图。这个图的重点在于上下调的展示,这就需要构建数据,也就是添加新的分组列,方法其实在火山图系列讲过(转录组不求人系列(十): NCS级别的火山图,总有一款适合你!),例如添加上下调基因标识,一定要记住,东西是相通的,接下来我们从添加组开始。
对了,我的复现结果如下,和原图是一样的,只是基因排列不同:
image.png
加载ggplot2,读入相关分析结果数据。需要添加两列,第一列是分出正调控和负调控。第二列是将P值分等级。最后相关系数取绝对值,因为相关性强弱和正负没有关系,原图也是用正值表示相关性的。
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