Rob Knight: PCR不需要做三个平行再混合!
Journal: BioTechniques
Published Online:24 May 2019
Corresponding author: Rob Knight
看通讯识文章~
3个PCR混合常用于高通量测序过程中,用于消除单次PCR带来的误差。
近年来DNA聚合酶的活性和稳定性有了很大的提高,是否需要做那么多平行(时间、金钱、人力成本)开始受到人们的关注。
本实验实施于3个独立的实验室,测试不同环境(粪便、土壤、海洋沉积物、海水、皮肤、口腔、床垫灰尘样本)得到的373个样本,比较单次PCR和3次PCR混合产物经16S测序后的差异。
DNA提取和PCR扩增采取Earth Microbiome Project (EMP) protocol。
QIIME2 + Deblur进行处理。
1
结果表明单次PCR得到的reads显著高于三次PCR混合,且A.单次PCR的sequencing dropout rate更低。B.alpha多样性(shannon)无显著差异,C. Unweighted UniFrac表征的beta多样性表明样本按照不同环境,而不是PCR平行数分开。D.Weighted UniFrac表明样本之间的差异不同环境>生物学重复>技术重复。
分类学上变化也可以忽略不计。在种、属、门水平上共有物种为97.8%,98.4%和100%。
2
由于不同环境类型得到的结论可能会模糊特定样本类型的关系,作者还测试了得到的结论是否适用于单独的农业样本。从三个不同地点、跨越两个季节采集了根和根际样本。所有结果和上面相同。
除此之外,作者又对96个建筑材料中的样本进行了检测。结果仍相同。
综合所有结果,做三个PCR混合增加了成本,且并没有提升准确性。因此做一个即可。
Website:
https://www.future-science.com/doi/10.2144/btn-2018-0192
(阅读原文直达)
—END—
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