ncbi查找目的基因序列_如何使用 NCBI 查找基因序列、mRNA、Promoter

有不少人询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST 进行序列比对...... 其实这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。

我将结合我自己使用 NCBI 的一些经历跟大家交流一下 NCBI 的使用。主要有以下四部分内容：如何查找基因序列、mRNA、Promoter

如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列

运用 STS 查找已经公布的引物序列

如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性

今天我们就先讲第一部分：如何查找基因序列、mRNA、Promoter。这里主要用到的是Map viewer，我们以人的 IL6(白细胞介素 6)为例讲述一下具体的操作步骤。

1. 打开 Map viewer 页面，网址为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html，在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如下图所示。

2. 点击 GO 出现如下界面。

3. 在步骤 2 图示的右下角有一个 Quick Filter，在 Gene 前面的小方框里打勾，然后点击 Filter。出现下图:

染色体上的红色区域即为你的目的基因所处位置。下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的。经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。

现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。

4. 点击上述三条序列第一条序列，即 reference 对应的 Genes seq，出现新的页面，页面如下图所示。

5. 点击上图出现的 Download/View Sequence/Evidence ，即下载查看序列等功能，结果如下图所示。

在 Sequence Format(序列输出格式)后面是一个下拉式选择菜单，默认的为 FASTA 格式，还有一个是 GenBank 格式。我推荐大家选择 GenBnak 格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而 FASTA 格式只有基因序列。

6. 在 Sequence Format 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示，由于网页较大，只截取一小部分以作示范。

在上述打开的网页中，你可以看到基因长度、基因序列以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。

mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394) ，这代表了从基因的 3598 位开始就是转录区了，即我们常说的 mRNA 片断，由于内含子的存在，所以 mRNA 在 DNA 序列上分成了几段。

CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970)

CDS 代表编码序列，即蛋白编码区是从 3660 开始( ATG)，由于剪接作用所以 CDS 区也是不连续的。

promoter：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置。如果你要研究 promoter 区的话，建议你选择转录起始位点前的 2000 个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究 - 1000 到 0 这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。

怎么样，学会了吗？你不妨试试去找到自己的目的基因序列和启动子。

编辑：

dxy_nfu5swte

分享到：

ncbi查找目的基因序列_如何使用 NCBI 查找基因序列、mRNA、Promoter相关推荐

查找重复文件_重复文件快速查找删除
对于Mac用户来说,Cisdem Duplicate Finder是一款出色的重复查找工具,可以检测和查找所有重复内容,并批量删除它们以快速释放外部/内部硬盘空间.所有重复的照片,音乐,文档,视频或其 ...
java 查找大写字母_在Java中查找字符串的所有大写字母
因此,我试图在用户输入的字符串中查找所有大写字母,但始终出现此运行时错误: Exception in thread "main" java.lang.StringIndexOutO ...
python字符串之查找与替换_在Python中查找和替换文本
最简单的查找替换在Python中查找和替换非常简单,如果当前对象是一个字符串str时,你可以使用该类型提供的find()或者index()方法查找指定的字符,如果能找到则会返回字符第一次出现的索引, ...
ad09只在一定范围内查找相似对象_在AD09中查找元件和封装
1206 1/4W 电容电阻外形尺寸与封装的对应关系是: 0402=1.0x0.5 0603=1.6x0.8 0805=2.0x1.2 1206=3.2x1.6 1210=3.2x2.5 1812=4 ...
ncbi查找目的基因序列_教你如何利用NCBI寻找目的基因
最近经常碰到查找目的基因的问题,那今天就讲一下如何利用NCBI数据库查找目的基因! NCBI(National Center For Biotechnology Information),美国国家生物 ...
ncbi查找目的基因序列_如何获得基因序列——在NCBI中查找目的基因实例.PDF
如何获得基因序列--在NCBI中查找目的基因实例如何获得基因序列?--在 NCBI 中查找目的基因实例如何获得基因序列?--在 NCBI 中查找目的基因实例基因,即具有遗传效应的 DNA 片段, ...
ncbi查找目的基因序列_NCBI大搜索之目的基因寻踪
NCBI大搜索之目的基因寻踪最近经常碰到查找目的基因的问题,那今天就讲一下如何利用NCBI数据库查找目的基因! NCBI(National Center For Biotechnology Info ...
根据NCBI中的蛋白名在uniprot中查找对应蛋白登录号及基因名
根据NCBI中的蛋白名在uniprot中查找对应蛋白登录号及基因名想法来源第一个客户第二位客户代码分享反思想法来源首先,我要感谢我从事蛋白质组分析工作中遇到的形(xi)形(qi)色(gu ...
NCBI引物设计、检验引物特异性、检索基因序列、BLAST
B站upLily的储物间 NCBI 引物设计及检验引物特异性 primer-BLAST设计引物进入primer-BLAST 1.进入ncbi中的BLAST 2.下拉选择primer-BLAST pr ...
【计算机网络】网络层 : ARP 协议 ( 使用 ARP 协议查找目的主机 / 路由器物理地址 )★
文章目录一.ARP 协议二.ARP 协议使用过程三.ARP 协议四种情况四.ARP 协议规律五.ARP 协议计算示例一.ARP 协议物理地址需求 : 在数据链路层传输数据帧时 ...

ncbi查找目的基因序列_如何使用 NCBI 查找基因序列、mRNA、Promoter

ncbi查找目的基因序列_如何使用 NCBI 查找基因序列、mRNA、Promoter相关推荐

最新文章

热门文章