生信漫谈如何画出美美的SeqLogo图

画出美美的SeqLogo图，下面介绍三种不同的方法，适用不同的人群的需求。

1、直接上在线绘制SeqLogo图的网站WebLogo 3：

https://weblogo.threeplusone.com/create.cgi

上面是网站的一些事例子文件，现在打开网页：

点击上面的红色圈圈创建，在空白窗口输入SeqLogo图的序列，这些序列一般是通过chip-seq，或者其他网站预测得到的序列。

以下用该网站的Catobolite Activator Protein (CAP)的序列进行绘图：

>Q9EXQ1/196-227 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKLGVL>Q46158/72-92 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR----------->Q46157/72-92 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR----------->Q46159/72-92 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR----------->Q47948/72-92 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISR----------->FNR_HAEIN/196-227 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKLGVI>ETRA_SHEPU/193-224 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGLI>FNR_SALTY/193-224 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML>Q9LA24/207-238 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML>Q9AQ50/193-224 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML>FNR_ECOLI/193-224 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSGML>HLYX_ACTPL/192-223 LTMT.-RGDIGNYLGLTIETISRLLGRFQKSGMI>O31204/192-223 LTMT.-RGDIGNYLGLTIETISRLLGRFQKSGMI>Q9L801/192-223 LTMT.-RGDIGNYLGLTIETISRLLGRFQKSGMI>Q9KS27/193-224 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRFQKSEIL>Q9CMY2/212-243 LTMT.-RGDIGNYLGLTVETISRLLGRLQKMGIL>Q44500/188-219 LAMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFSRFQQNELI>ANR_PSEAE/188-219 LAMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFTRFQQNGLI>O85222/188-219 LSMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFTRFQQNELI>FNRA_PSEST/188-219 LPMS.-RNEIGNYLGLAVETVSRVFTRFQQNGLL>BTR_BORPE/186-217 VRMS.-REEIGNYLGLTLETVSRLFSRFGREGLI>Q9JQQ8/187-218 LRMS.-REEIGSYLGLKLETVSRTLSKFHQEGLI>O69245/180-211 LPMC.-RRDIGDYLGLTLETVSRALSQLHTQGIL>Q9AMR4/161-192 LPMS.-RRDIADYLGLTVETVSRAVSQLHTDGVL>FIXK_BRAJA/185-216 LPMS.-RQDIADYLGLTIETVSRTFTKLERHGAI>AADR_RHOPA/187-218 LPMG.-RQDIADFLGLTIETVSRTFTKLEREKLI>FIXK_RHIME/159-190 LPMS.-RQDIADYLGLTIETVSRVVTKLKERSLI>FIXK_AZOCA/196-227 LAMS.-RQDIADFLGLTIETVSRTLTYLEEQGTI>Q9AA54/164-195 VPMS.-RQDMADYLGLTIETVSRTLTSLQDEGLI>Q988V4/163-194 LPMS.-RMDIGDYLGLTIETVSRVFTRLKDKGVI>Q53170/175-206 LPMT.-RLDVADYLGMTIETVSRTITKLAGSGVI>Q989I4/189-220 LPLT.-RADISDFLGLTNETVSRQLTRLRADGVI>Q988R0/189-220 LPLT.-RADIADFLGLTIETVSRQLTRLRTDGLI>O06655/187-218 LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRKLTKLRKSGVI>O86069/185-216 LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQLTRLRKEGVI>O86067/187-218 LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQMTRLRKWGVI>Q52775/187-218 LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQMTRLRKSGVI>FX24_RHILV/187-218 LPLS.-RAEIADFLGLTIETVSRQMTRLRKIGVI>FNRL_RHOSH/187-218 LPLT.-REEMADYLGLTLETVSRQVSALKRDGVI>Q51677/188-219 LPLT.-REAMADYLGLTLETVSRQMSALKREGVI>O33961/187-218 LPLT.-REAMADYLGLTLETVSRQMSALKRDGVI>O87372/155-185 -SIS.-RADMADFLGLTTETVSRLLSAFHREQLI>P95599/188-221 LRVSmNRQDIADHLGLTIETLAHTVTKLASRNIV>Q52823/185-216 VPMS.-RQDIADHLGLTIETVSRTLTKLASRNVV>Q9FDG3/192-223 VPMN.-RQDIADHLGLTIETVSRTITKLAARNIV>O84975/207-238 LRMS.-REDIASYLGLRLETVCRSVARLRAQDVV>Q53240/186-217 FPIT.-RQNISEMTGTTLHTVSRLLSAWEREGIV>O52578/162-191 --IS.-RQDIAEMTGTTLHTVSRILSAWEQLGFV>Q9KWP8/153-184 FPIT.-KQDIAEMTGTTLHTVSRILTGWEAQGFV>O66781/189-220 LPLT.-RQDIAEMTGTTVETTIRVMSKWKKQGII>Q982N1/28-58 -PIA.-RGEIASRVGLTVQTVSTIVRELEEQGYI>P96094/179-210 LPAK.-KAMIAARLGLTPETFSRVLKRLREEHLI>FLP_LACCA/168-199 VPMA.-WTQLADYLGTTPETVSRTLKRLAEEKLI>Q97IX9/173-206 INMElSITYLADMLGSKRETVSRQLKLLTEKNLV>Q9CE44/171-202 IPMK.-LKELANYIGTSPETISRKIKVFEENKII>Q9S392/178-209 IPMK.-MKDLATFIGTTPETISRKFKILEEKGFI>Q9S393/178-209 IPMT.-LKDLSAFIGTTPETISRKLRLLEEKGLV>Q98GX3/209-240 LPLS.-QAELADVLGLSVVHMNRVIGALRKVGVV>Q9XDD3/182-213 CPLT.-QGELADALGLTPIHINRMLRELREDNLL>NTCA_ANASP/172-203 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLREKKMI>NTCA_SYNP7/171-202 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRESKLI>NTCA_SYNY3/174-205 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLREGNMI>P94611/175-206 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRQEEMI>Q9L627/170-201 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRQDEMI>Q9AG80/172-203 LKLS.-HQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLRQDKMI>O30778/173-204 LRLS.-HQAIAEAIGSTRVTITRLLGDLRNSGLV>Q9KI45/189-220 FPLT.-HAQIGSAIGSTRVTVTRLMGKLRQRGLI>CYSR_SYNP7/152-183 IPLT.-HQVIAELSGSTRVTTTRLLGEFRQAGRI>CYSR_SYNY3/160-191 VRLT.-HQMLANAIGTTRVTVTRLLGEFQTQGKV>Q55322/177-208 LRLT.-HQEMASALSTTRVTVTRVIGLLRDEGWL>Q9RTV7/201-231 -RIS.-HQDLAHSVGSTRETITKLLGDFRTRGLL>Q9TLZ6/157-188 IYIS.-QHDIASILSTTRSTITRLINQLRKDNII>FNR_BACSU/174-205 IVLT.-NQDLAKFCAAARESVNRMLGDLRKKGVI>O86128/173-204 IVLT.-NQDLAKFCAAARESINRMLSDLRKNGVI>Q9KG81/173-204 IVLT.-NQELANFCAAARESVNRMLGELRKLGVI>CRP_PASMU/165-196 IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRILKMLEDQHLI>Q48301/170-201 IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRILKMLEDQHLI>CRP_HAEIN/180-211 IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRIIKMLEDQNLI>Q51859/180-211 IKIT.-RQEIGQMVGCSRETVGRIIKMLEDEGLI>Q9F435/166-197 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGHILKMLEDQNLI>CRP_ECOLI/166-197 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLI>CRP_SALTY/166-197 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLI>O07097/166-197 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLI>Q9ALY5/166-197 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEEQNLI>O34015/166-197 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEEQNLI>Q9KNW6/166-197 IKIT.-RQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEEQNLI>CLP_XANCP/186-217 LRVS.-RQELARLVGCCAQMAGRVLKKLQADGLL>Q9PD39/185-216 LRVS.-RQELARLVGCSREMAGRVLKKLQADGLL>Q9S6B5/186-217 LRVS.-RQELARLVGCSREMAGRVLKKLQADGLL>P71977/33-62 --LS.-QAEIGERVGMARSTVSRILNALEDEGLV>O28174/36-67 VKIS.-SKELAEHIGQSLQTAARKLKELEDEGLI>Q9CB91/174-204 -DLT.-QEEIAQLVGASRETVNKALADFAHRGWI>O69644/174-204 -DLT.-QEEIAQLVGASRETVNKALADFAHRGWI>Q9XA42/174-204 -DLT.-QEELAQLVGASRETVNKALADFAQRGWL>Q97TL8/136-167 INCT.-HEDIGKAVGVSRVTVSRTLNKFSQYQWI>Q99YT6/175-206 FQLT.-TTDIAQISGTTRETVSHVLRDLKKQELI>Q9RRX0/176-209 LNLKlNQEDIARMVGATRETVSHSLSRLKKGGAI>Q9K5F3/178-209 CPIT.-AAEIAKISGTSRETVSAVLKKLRCEGVI>P73234/185-215 -NLP.-HRETAMLSGVTRETVTRTLGKLEKKGLI>P74171/182-212 -NLP.-HRELSSISGLARETVTRCLTKLEKRGLI>Q981X4/78-109AKVT.-HDQIAAMVGSTRQWVTMMMKRFQKEGLV

勾选右边的Download to local drive，标题名字，序列的bar都可以自行选择，图片的输出格式有png，PDF，可以根据自己的选择进行下载就行。

2、第二种方式是利用Tbtools软件进行SeqLogo图的绘制，打开软件找到SeqLogo绘制模块，利用软件提供的示例文件进行绘图展示：

点击开始，保存图片即可，也是有多种输出格式可以进行选择。

3、第三种就是用R包motifStack进行绘制：

BiocManager::install("motifStack")library("motifStack")pcm <- read.table("input.pcm")pcm <- pcm[,2:ncol(pcm)]rownames(pcm) <- c("A","C","G","T")motif <- new("pcm", mat=as.matrix(pcm), name="bin_SOLEXA")## 生成图形plot(motif)

示例文件input.pcm格式如下：

A  3  3  0  3  2  2  3  1  0  1C  0  0  0  0  0  1  0  1  0  0G  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0T  0  0  3  0  1  0  0  1  2  1

以上三种方法亲测有效，大家根据自己需求进行绘图，祝大家科研少走弯路，早日发paper！

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