使用bcftools提取指定样本的vcf文件(extract specified samples in vcf format)
1、下载安装bcftools。
2、准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示:
sample1
sample2
sample3
3、输入命令:
bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf
参考链接:
https://www.biostars.org/p/184950/
https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#view
转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/9212170.html
使用bcftools提取指定样本的vcf文件(extract specified samples in vcf format)相关推荐
- bat 批量提取指定目录下的文件
如下是批量获取指定目录下的文件名. @echo off echo text inputset input= set /p input=: echo %input% is input cd %input ...
- R语言丨根据VCF文件设计引物,自动识别两样本差异SNP位点,调用samtools获取上下游参考序列
根据变异位点设计引物序列 今天碰到一个新问题:假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据,每行代表一个位点,我现在想找出两样本差异的SNP位点,再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示, ...
- python提取数据包中的文件_Python-对Pcap文件进行处理,获取指定TCP流
通过对TCP/IP协议的学习,本人写了一个可以实现对PCAP文件中的IPV4下的TCP流提取,以及提取指定的TCP流,鉴于为了学习,没有采用第三方包解析pcap,而是对bytes流进行解析,其核心思想 ...
- java批量提取文件夹名称_bat 批量提取指定目录下的文件名
bat 批量提取指定目录下的文件名 下面是批量获取指定目录下的文件名的核心代码 @echo off echo text input set input= set /p input=: echo %in ...
- 2021.06.08|提取、比较各样品vcf文件中snp突变频率
目录 摘要 环境与方法 使用代码 分析结果 总结 摘要 接到一个wgs项目,要帮助客户统计vcf文件中snp突变频率,比较两个样品的突变位点.这个工作在上一个项目中是手动处理的,当时参考序列短,突变位 ...
- python csv文件和xlsx文件混杂时,提取指定列数据并合并
这篇文章是R语言 如何合并csv文件(批量读取csv文件)的姊妹篇.提供更为强大的功能. 解决的问题是提取csv文件和xlsx文件混杂时,文件合并问题.具体来说,下面的代码是提取指定列文本,简单清洗后 ...
- python实现批量提取指定文件夹下同类型文件
python实现批量提取指定文件夹下同类型文件 讲解 略 代码 import os import shutildef take_samefile(or_path, tar_path, tar_type ...
- Excel 从多个文件提取指定的多行(固定行)进行汇总的工具
提示:文章写完后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 前言 一.工具位置 二.使用步骤 总结 前言 Excel 如果从多个文件提取指定的行汇总到一个文件?在办公过程中我们往往需要 ...
- python提取文本中的手机号_Python从vcf文件中读取手机号并进行去重操作
文章目录 1. Python代码 file = open('test.vcf', 'r', encoding='utf-8') tels = [] for line in file: line = l ...
最新文章
- Java 8 一行代码解决了空指针问题,太厉害了...
- springboot的profile配置
- 怎么下载正版am_新买的笔记本电脑如何重装自带的正版Office学生版
- 百度Q2智能云增长强劲;据悉史上最大 AI 芯片诞生!中兴与奇瑞成立合资公司一起加快开发5G汽车……...
- 老鸟的Python新手教程
- 数据库grant 授权
- 现代通信原理6.1 常规调幅调制(AM)与抑制载波双边带(DSB-SC)调制
- 你知道直方图都能干啥?
- 关于win8.1系统的网络用一段时间就会受限的原因及解决方法
- 台式计算机 按键盘字母键 没反应6,台式电脑键盘没反应怎么回事 键盘按了没反应怎么办...
- Less系列之混合(Mixins)
- RSA之共模攻击与共享素数
- laravel-admin / Dcat admin 上传Excel并导入数据到数据库
- java socket 聊天室_java利用Socket实现聊天室功能实例
- 评《设计模式之禅》一书
- 微信公众号(服务号)申请时候需要补充的资料
- 常用计算机系统包括,常用的保护计算机系统的方法有()。
- android studio git 错误 unable to read askpass
- vue如何实现打印功能
- 程序员的情感修养 —— 专访“非诚勿扰”牵手成功男嘉宾程序员石川