autodock tool文件_理解autodock分子对接思路和流程--系列导读

准备工作

设置工作目录，用pymol去除水分子，分离蛋白和小分子，得到各自的pdb文件。

(如果是预测得到的蛋白pdb，那就直接拿来用咯，如果是已知结构可从pdb数据库下载。需要分离或者查找到小分子的3d结构。推荐的网址：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=Top)

第一步：准备坐标文件(pdbqt)

pdbqt是AutoDock 特定的坐标文件格式，包括：

1)极性氢原子；

2)局部电荷；

3)原子类型

4)柔性分子的节点信息

因此，将蛋白和小分子各自导出为pdbqt文件：

蛋白：加氢、计算电荷、添加原子类型

小分子：加氢、计算电荷、确定root(扭矩中心)，选择可旋转的键。

注意：小分子作为配体，它的读取和导出都在Ligand菜单进行。

第二步：Grid

利用 AutoDockTools 创建 grid 格点参数文件(GPF)，主要是设置gridbox的中心坐标和大小。

运行autogrid，工作目录会多出一个glg文件和一些mapping文件。

第三步：docking

在 AutoDockTools 中生成对接参数文件(DPF)，包括算法和对接参数。

运行autodock，工作目录会多出一个dlg文件。

第四步：分析对接结果-Analyze

使用 AutoDockTools 分析对接结果dlg文件，选择最好的导出为pdbqt，再转换为pdb格式。

autodock tool文件_理解autodock分子对接思路和流程--系列导读相关推荐

autodock tool文件_AutoDock软件的下载、安装及使用 - 量子化学 - 小木虫 - 学术科研互动社区...
破赵诖耍� 因为我真的不知道这个软件是做什么的. autodock (分子对接软件) [URL] http://www.scripps.edu/pub/olson-web/doc/autodock/ ...
autodock tool文件_AutoDock PDBQT文件详解
PDBQT文件 AutoGrid使用PDBQS文件来存储受体,PDBQS中包含了大分子所有原子的坐标.部分电荷.和溶解参数信息.AutoDock 3使用PDBQ文件来存储配体的原子坐标.部分电荷.有关 ...
android bp文件_理解Android.bp
介绍Android最新的编译系统一.简介早期的Android系统都是采用Android.mk的配置来编译源码,从Android 7.0开始引入Android.bp.很明显Android.bp的出现 ...
autodock无map文件_“分子对接技术”之使用AutoDock进行半柔性对接教程
Autodock是一款开源的分子模拟软件,最主要应用于执行配体-蛋白分子对接.它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护,官方网址是http://autodock.scripps.edu/, ...
Linux中autoduck批量对接,科学网—用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接 - 杜文义的博文...
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! Autodock分子对接教程 First release:2017-12-20 Last update: 2018-07-24 Au ...
Linux中autoduck批量对接,求助：关于autodock模拟分子对接
飞小天 autodock是目前最流行的分子对接软件之一,因为开源免费,所以被学术界大量使用,并且出现了在autodock开源代码基础上改进的文章,比如改进打分函数,改进搜索算法(模拟退火,遗传算法)等 ...
使用Autodock Vina进行分子对接
AutoDock Vina 是一个用于进行分子对接的开源程序,由Molecular Graphics Lab的Oleg Trott博士开发.根据Oleg Trott等人测试结果,与 AutoDock ...
蛋白对接_【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽-小分子对接（DOCK 6.9）
用途使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算,研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用. 预备知识分子对接的算法流程将配体放置在受体口袋中,搜索/调整配体构象,获得可能的结 ...
Docking （分子对接技术）、分子动力学、Gromacs的关系
简单叙述: Docking (分子对接技术).分子动力学.Gromacs的关系? 药物筛选模拟计算包括 Docking 和分子动力学计算: Docking 分子对接技术(macromolecular ...

autodock tool文件_理解autodock分子对接思路和流程--系列导读

autodock tool文件_理解autodock分子对接思路和流程--系列导读相关推荐

最新文章

热门文章