问题：

用网上找的开启慢查询日志的方法：

在/etc/my.cnf中添加

long_query_time=1
slow_query_log
log_queries_not_using_indexes=1

然后再重启mysql。

慢查询日志确实开起来了，用select sleep(0.5),select sleep(1)来测试long_query_time的设置是生效的。但是在实际使用中在慢查询日志文件中出现了很多查询时间在小于1s的记录。

原因：

一、在mysql5.6英文手册的“5.2.5 The Slow Query Log”中说慢查询记录的条件：

1. The query must either not be an administrative statement, or          log_slow_admin_statements          must be enabled.

2. The query must have taken at least          long_query_time seconds, or          log_queries_not_using_indexes          must be enabled and the query used no indexes for row lookups.

3. The query must have examined at least          min_examined_row_limit rows.

4. The query must not be suppressed according to the          log_throttle_queries_not_using_indexes          setting.

粗略地翻译下：

1. 查询必询不是管理语句，或者开启了log_slow_admin_statements。

2. 查询的时间至少是long_query_time的秒数,或者查询没有使用索引并且开启了log_queries_not_using_indexes。

3. 查询至少检索了min_examined_row_limit 的行数.

4. 查询必要不会根据log_throttle_queries_not_using_indexes  的设置而被抑制。

二、在mysql5.5 中文参考手册可以找到log-queries-not-using-indexes的说明：
如果你结合--log-slow-queries使用该选项，未使用索引的查询也被记录到慢查询日志中。

通过上面的资料就可以知道，因为开启了log_queries_not_using_indexes造成后，未使用索引的查询是否被记录和slow_query_time的设置无关

解决办法一：

修改/etc/my.cnf

log_queries_not_using_indexes=0

然后重启服务器。

解决办法二：

在mysql 查询中执行

set global log_queries_not_using_indexes=0;

参考：

mysql5.5中文参考手册

mysql5.6参考手册

http://www.percona.com/forums/questions-discussions/mysql-and-percona-server/24075-long_query_time-not-working