linux基因组文件,从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息-AWK

gff文件当中存储了基因组当中所有基因的注释信息，如果想得到基因组当中所有基因的位置信息可以利用awk命令批量的提取，命令如下：

$ grep -v '#' Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3|awk -F "[\t=:;]" 'BEGIN{OFS="\t"}$3=="gene"{print $1,$4,$5,$10}' |head

1 3631 5899 AT1G01010

1 6788 9130 AT1G01020

1 11649 13714 AT1G01030

1 23121 31227 AT1G01040

1 31170 33171 AT1G01050

1 33365 37871 AT1G01060

1 38444 41017 AT1G01070

1 44970 47059 AT1G01080

1 47234 49304 AT1G01090

1 49909 51210 AT1G01100

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