lammps教程：delete_atoms 命令详解

lammps建模时，我们使用create_atoms创建原子，有些情况下，需要删除一些原子，用到的命令为：delete_atoms。
delete_atoms语法：

delete_atoms style args keyword value ...

下面介绍delete_atoms常见的用法
1.删除组内或区域内原子
整组或者整个区域删除原子，直接使用group或者region关键字即可，删除原子后原子ID已经不连续，使用compress yes可对ID序号进行压缩，也就是重新排序，产生连续的原子ID。

#删除edge组内所有原子
delete_atoms group edge
#删除sphere区域内所有原子，并且不压缩ID
delete_atoms region sphere compress no

2. 删除重叠原子
在不同区域内填充原子，有可能会造成两区域边界部分原子重叠，产生重叠的原子之间受力过大容易飞出box，出现“lost atoms”错误。
因此，在建模时可删除重叠原子，用的命令为：
delete_atoms overlap args = cutoff group1-ID group2-ID
group1-ID、group2-ID为两个原子组，cutoff确定原子间距，间距在cutoff内并且分别处于两个组内的原子之一（group1-ID组）会被删除。
如：

delete_atoms overlap 0.3 group1 group2

3. 随机删除原子
按照一定比例随机删除原子，比如随机产生空位，语法为：
delete_atoms porosity args = region-ID fraction seed
fraction为删除原子比例，seed为随机数种子。

delete_atoms porosity cube 0.1 482793

4. 删除分子
分子含有多个原子，如果仅删除一个原子，如H2O仅删除一个H或者一个O原子，在模拟的时候可能会报错。
这时候就需要删除整个H2O分子，加上关键字mol即可。

delete_atoms     overlap 0.5 Water Cu  mol yes

以上为delete_atoms的主要用法，更高级的使用说明请查询官网手册。

更多lammps教程，关注微信公众号：lammps加油站

lammps教程：delete_atoms 命令详解相关推荐

ubuntu安装VIM教程与命令详解
目录 1.VIM简介 2.ubuntu安装VIM 3.安装命令详解 3.1.sudo 3.2.apt-get && install 3.3.vim-gtk 4.VIM参数配置 1.VI ...
区块链系列教程——geth命令详解
本文是区块链系列的第二篇,上一篇区块链系列教程--创建属于自己的区块链大概介绍了区块链的基本内容,并且使用geth客户端创建了私链,给了各位读者较为直观的感受.本文简单介绍geth命令,这对后面的教程 ...
linux系统教程vi命令详解,Linux操作系统vi命令详解及其使用技巧
vi是Unix和Linux世界里极为普遍的全屏幕文本编辑器,几乎可以说任何一台Unix/Linux机器都会提供这套软件.Unix/Linux 上也已经发展出许多更新.更好用的文书编辑器,但并不是每一台 ...
kali中steghide命令工具教程；7z命令详解；kali中base64命令详解
目录 kali中steghide命令工具教程 7z命令详解 kali中base64命令详解例:解码文本里的base64编码 kali中steghide命令工具教程根据此博客学习(12条消息) 隐写 ...
linux中的shell有printf吗,Linux Shell系列教程之（八）Shell printf命令详解
在上一篇:Linux Shell系列教程之(七)Shell输出这篇文章中,已经对Shell printf命令有了一个简略的介绍,本篇给大家详细介绍下Shell中的printf命令. 一.Shell p ...
linux sed p变量,Linux sed 命令详解系列教程之各种问题解决
本文目录: 1 sed中使用变量和变量替换的问题 2 反向引用失效问题 3 "-i"选项的文件保存问题 4 贪婪匹配问题 5 sed命令"a"和"N& ...
Linux Shell脚本入门教程系列之（八）Shell printf命令详解
本文是Linux Shell脚本系列教程的第(八)篇,更多shell教程请看:Linux Shell脚本系列教程在上一篇:Linux Shell系列教程之(七)Shell输出这篇文章中,已经对She ...
GitHub使用教程详解（下）——Git的安装以及Git命令详解
上一篇GitHub使用教程详解(上)--官网操作指南[翻译],是针对官网的guide进行了翻译,其实个人来说,我是很不喜欢那么操作的,又要等待页面加载,操作又慢!程序员嘛,还是直接敲入命令代码更迅速高 ...
DOS批处理高级教程(三) : 批处理变量和set命令详解
前言这里主要是带着过一下相关的简单概念和用法, 是对于有一定的基础和编写脚本经验的同学而言, 那么一般下面的用法都是一眼看出作用和原理起到一个复习的作用.对于不熟悉的可以查询相关命令和百度即可. 第 ...
redis的lrange_Redis LRANGE 命令-Redis LRANGE命令详解教程-Redis LRANGE使用案例-嗨客网
Redis LRANGE命令教程下标参数 start 和 stop 都以 0 为底,也就是说,以 0 表示列表的第一个元素,以 1 表示列表的第二个元素,以此类推. 也可以使用负数下标,以 -1 表 ...

lammps教程：delete_atoms 命令详解

lammps教程：delete_atoms 命令详解相关推荐

最新文章

热门文章