Gromacs—GMX

文章来源：“分子动力学”公众号

链接：https://mp.weixin.qq.com/s/wfDoIp7RkXVcx8DpA8D8Fw

GMX.1 参数概述

根据GMX手册预告，所有GMX的程序都有6个标准参数，其中有的是隐藏的（参数太多，吓死人）。此六个参数及其作用罗列如下：

-h:
在屏幕上打印该GMX程序的帮助信息，并退出程序。就是不使用这个参数，任何GMX程序运行时，都会打印很多信息，包括GMX的软件消息，简短的协议，还有各个参数的输入等。
-hidden:
打印隐藏的命令参数。
-quiet:
打印尽可能少的信息，所有参数输出被忽略，所以很quiet。
-man:
以指定文件格式，打印程序的手册到指定文件中。支持的文件格式有html, tex, nroff, acsii, completion, py 和 xml. （真怀疑开发人员怎么不被这么多文件格式给烦死，牛人。）
-debug:
输出程序的调试信息。这个对终端用户不是很有用，输出文件一般为core加一串数字。
-nice:
设置程序的优先级。一般忽略，相信聪明可爱的计算机。
以下为GMX一些其他介绍：

1、GMX编译过程中，如果使用Motif或者Lesstif图形包，那么可以使用 -X 参数得到一个编辑各个参数输入的图形界面。如果没有使用以上图形包，使用该参数会报错。

2、在SGI-IRIX系统上编译的GMX，可以使用 -npri 参数设定无阻塞（non-blocking）优先级。

3、可选参数的如无指定文件，那么就不会有输出文件（不然垃圾文件太多）。但是必选参数的输出文件一定会输出，如果指定按照默认文件明输出。

4、所有的GMX程序都接受无文件后缀名的文件，并自行补全文件名。如果不指明输入文件命，程序会自动在当前目录下搜索默认文件名。如果有多个同名不同文件类型的输入，那么第一个支持类型文件会被使用。（相信很多人一般不至于懒惰到这个程度，连个文件名都不给人家程序。）

5、几乎所有GMX程序（不包括 mdrun、nmrun 和 eneconv）都会先检查输入参数是否合法（重复参数等），如出错程序自动退出。

6、枚举参数（enum）必须为指定类型之一。

7、矢量输入必须文一个或者三个数值，如果指定一个数值，那么其他两个与指定数值一致。

8、多数GMX程序都可以使用 -tu 参数来指定时间单位，如 ps、fs、ns等等。这个多数应用与分析输出，成图等。

9、所有GMX程序可以直接读取 g-zipped 压缩文件，xtc、trr 和 trj 等压缩轨迹文件可能会报错，建议只打包不压缩。

10、大多数GMX程序可以处理比输入文件中原子数少的轨迹文件（轨迹文件中原子数目少于输入文件），但是必须保重轨迹文件中的原子处于输入文件的开头（即轨迹文件中没有的原子在输入文件尾端）。（这个貌似很容易产生歧义，语文没学好，见谅！）造成这个的原因是GMX系统中，输入文件中所有原子按照序号进行，只有一个数字，没有名称。

Gromacs—GMX相关推荐

PyAutoFEP Tutorial--基于Gromacs
PyAutoFEP 自由能微扰计算–基于Gromacs 简介注意:以下教程假定读者熟悉分子动力学 (MD) 和自由能微扰 (FEP) 理论.此外,了解 GROMACS 工具.拓扑和输入文件也很有用. ...
Gromacs安装教程及一些思考
写这篇博客目的当然不是只安装一下GROMAC,而是想借这个机会思考一下认知的问题. 想起来刚上研究生的时候,要在Linux服务器上安装这个软件,当时费了好大劲,各种求助师兄,虽然安装好了,但当时的我其 ...
Gromacs-自由能微扰(FEP)
何谓自由能微扰自由能微扰(FreeEnergyPerturbation, 简称FEP),是一种评估一系列结构相似化合物结合受体能力的方法.比如当我们需要对一个已确定有生物活性的化合物进行结构微改前, ...
Gromacs 5.1.4 在CentOS7下GPU加速版的安装
GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎. 分子动力学模拟和能量最小化是计算化学和分子建模领域众多技术中的两种. 计算化学是计算技术在化学中应用, 涉及范围从分子的量子力学到复杂 ...
asm 查看数据文件修改时间_更高效的GMX分段模拟方法：修改tpr文件
原标题:更高效的GMX分段模拟方法:修改tpr文件 ■2020-11-01 22:42:18 在以前的一篇文章中, 我简单说过基于GROMACS的分段模拟方法 [1] . 这种方法非常通用, 几乎能完 ...
linux子系统安装gromacs,科学网—Windows下GROMACS程序的编译 - 李继存的博文
2015-12-07 22:12:05 总的来说, Windows下的GROMACS程序用于模拟意义不大, 对于长时间的模拟, 我都是放在Linux服务器上进行的. 但将Windows下的GROMAC ...
ubuntu安装vasp_用强大的GROMACS分析工具分析VASP的动力学结果
之前的教程里我们介绍了一个XDATCAR_toolkit.py工具,将VASP的AIMD的轨迹转成PDB的格式,再借用VMD和MD Analysis软件包分析RDF(径向分布函数)和RMSD(均方根偏 ...
gromacs manual_GROMACS蛋白配体分子动力学模拟结果分析简要笔记
0. 引言本文以前文(https://zhuanlan.zhihu.com/p/149862369)为基础,对蛋白配体复合物分子模拟体系的结果进行一系列的粗浅分析,本文记述了简要的分析方法. 1 M ...
用Gromacs重复文献计算TIP4P介电常数谱
重复文献Classical molecular dynamics simulation of microwave heating of liquids中对于TIP4P水介电常数的计算很多人刚开始做g ...
windows下gromacs中文教程（simulate chain A of insulin (PDB ID: 1ZNI).
1. 蛋白质准备文件从蛋白质文件中删除其他链和链,包括水分子(HOH).在Ubuntu和Windows中,您可以使用vim.notepad++等编辑器.也可以使用以下命令删除hetatom: #li ...

Gromacs—GMX

Gromacs—GMX相关推荐

最新文章

热门文章