机器学习之层次聚类及代码示例

一、层次聚类

层次聚类是无监督学习方法，可对给定的N个待聚类的样本进行层次的分类，直到某种条件（类的个数、类间的距离超过某个阈值）满足为止。

1、层次聚类的划分

对于层次聚类，可具体分为：

a. 凝聚的（agglomerative）层次聚类：

采用自底向上的策略：先将每个样本作为一个簇（类），然后不断地计算各个类之间的相似度/距离、并合并最相近的两个类成一个大类，直到某个终止条件满足为止。（可与哈夫曼编码算法作类比）

b. 分裂的（divisive）层次聚类：

采用自顶向下的策略，先将所有样本置于一个簇（类）中，然后根据一些原则逐渐细分为越来越小的类，直到某个终止条件满足为止。（可与决策树算法作类比）

2、类间的距离

在整个聚类的过程中，往往需要计算两个类的距离来进行凝聚/分隔的操作或者停止迭代的操作。判断两个类之间的距离/相似度可有以下三种方法：

a. SingleLinkage/Nearest-Neighbor：

取两个类中距离最近的两个样本的距离作为这两个类的距离。即最近两个样本之间的距离越小，这两个类的距离就越小。这种计算方法可能导致聚类的结果比较松散，且这种松散的效应会越来越大。比如当两个类总体上离得比较远，但却有对个别的点比较接近的情况。

b. CompleteLinkage：

取两个集合中距离最远的两个点的距离作为这两个类的距离，是SingleLinkage的反面极端情况。这种计算方法可能导致两个类因为个别的点而无法合并成一个类。

c. Average-linkage：

取两个类中的点两两的距离全部加在一起求平均值。这种方法得到的结果可能会受到个别点两两的距离的影响（偏大/偏小）。

d. Median-linkage / UCLUS：

median-linkage是average-linkage的一个变种，取两个类中的点两两的距离全部加在一起取中值作为两个类的距离。取中值与取均值相比，更加能够减少个人偏移样本对结果的干扰。

e. Centroids：

先分别计算出两个类的聚类中心，再取两个聚类中心的距离作为两个类的距离。

f. Ward’s method

假设先将两个类进行合并，得到合并后那个新cluster的均值点；再计算两个类中的每个点x到均值点的距离，再平方后加起来的结果即两个类的距离。

公式表示为，其中为合并后那个新cluster的中心点（均值点）

二、代码示例：

from sklearn.datasets.samples_generator import make_moons

X,y_true = make_moons(n_samples=1000,noise=0.05)

import matplotlib.pyplot as plt

plt.scatter(X[:,0],X[:,1],c=y_true)
plt.show()

from sklearn.cluster import AgglomerativeClustering
import time

t0 = time.time()
ward  = AgglomerativeClustering(n_clusters=2,affinity='euclidean',linkage='ward',compute_full_tree='false').fit(X)
t = time.time() - t0

plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1], c=ward.labels_)
plt.title('time : %f'%t)
plt.show()

from sklearn.cluster import KMeans

t0 = time.time()
kmeans = KMeans(init = 'k-means++',n_clusters=2, random_state=8).fit(X)
t = time.time() - t0

plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1], c=kmeans.labels_)
plt.title('time : %f'%t)
plt.show()

不难看出：基于距离的聚类算法（划分聚类、层次聚类），一般很难发现非凸形状的集合或者大小差别很大的集合。