好物推荐：眼科OCT影像自动分割工具推荐

前言

本人研究生在读，我的研究方向是医学影像处理。研究生阶段主要集中在眼科医学影像，具体一点就是视网膜OCT图像。最近在写研究生的毕业论文的时候，写作之前需要对之前的各种文献资料进行汇总和归纳。这个过程中发现了很多挺不错的论文和相关资源（论文或者工具）。有些资源个人觉得非常有价值，特别是对刚接触这个领域的同学来讲。所以在这里想将这些记录一下，也希望能够对这个领域的同学有些帮助。

视网膜OCT影像这块的研究主要集中在视网膜层次和病灶区域的分割。在医学中，视网膜是一种具有多层层状结构的透明的膜，其在OCT下的结构如图1[1]所示。

为了对其进行分割和分析，研究者们公布了一些软件工具。这里对其进行汇总和分析。

1. OCTSeg

该工具是Pattern Recognition lab开发的一种针对视网膜OCT影像进行层次和血管阴影分割的工具。该工具基于Matlab开发，具有图形界面。同时也提供工具对自动分割的结果进行调整。基于层次分割计算得到的视网膜层次厚度数据也支持以csv格式文件进行导出。该软件仅用于研究目的！

该软件从2011年发布后持续进行更新，目前版本更新到V0.4(January 2016)。不过官方页面上显示目前其已经不继续进行更新，但允许使用者自己在源码基础上进行开发调整。

官方介绍：
OCTSEG (Optical Coherence Tomography Segmentation and Evaluation GUI) is a graphical user interface (GUI) written in MATLAB for research purpose. The retinal layers and the blood vessels of retinal OCT scans can be segmented. Tools for the manual correction of the automated segmentations are provided. The segmentations or resulting thickness measurements on the retinal layers may be exported as a CSV file, which is readable by many standard software programms (e.g. Excel).

1.1 软件特点

支持海德堡系列机器的.vol文件，同时支持环扫和视乳头区域的扫描
支持常见的图像格式(.tif, .pgm, .jpg), 支持多张图像以.list的形式读取为体数据
自动分割6个主要的视网膜层，包括inner limiting membrane, outer nerve fiber layer boundary, and retinal pigment epithelium
自动对血管阴影区域进行定位
可以同时批处理多个图像
支持人工对自动分割的结果进行调整
支持分割结果和视网膜厚度图可视化
支持分割结果以.csv文件导出

官方介绍：

Heidelberg Engineering Spectralis OCT RAW data (.vol ending): Circular scans and Optic Nerve Head centered volumes are supported

Image file (.tif, .pgm, .jpg) support. Multiple images can be read in as volumes using user generated .list files (a text file format). Note: The algorithms have never been tested on other data then from the Spectralis system. If you will try it out: Please tell me about the results, I am always interested!

Automated segmentation of 6 prominent retinal layers (including the inner limiting membrane, outer nerve fiber layer boundary, and retinal pigment epithelium)

Automated segmentation of the blood vessel positions on circular scans

Batch processing of circular scans

Manual correction of possible segmentation errors

Visualization of the data and the segmentation results, including enface views and thickness maps

Export of the segmentation results to CSV text files

1.2 软件界面示例

来源于官方主页

主窗口：Here the automated segmentations are performed and the visusalization/correction tools are started.

可视化工具：Heidelberg Engineering .vol files are displayed and in addition the OCTSEG segmentations.

血管阴影定位工具：

层次自动分割矫正工具：

1.3 下载地址

Windows安装包：octsegInstaller.exe
源码下载：octsegSource.zip

如果在研究中使用该工具的话，可以引用下面的文章：
Markus A. Mayer, Ralf. P. Tornow, Christian Y Mardin, Ralf P. Tornow: “Retinal Nerve Fiber Layer Segmentation on FD-OCT Scans of Normal Subjects and Glaucoma Patients”, Biomedical Optics Express 1 (2010) No. 5 pp. 1358-1383

2. OCTExplorer

该软件由The Iowa Institute for Biomedical Imaging开发并维护，其包含了一系列的用于OCT影像处理的算法（目前仅支持windows平台）。软件持续得到更新，目前已经到了5.0.0版本。想要下载的话，只要同意相关的协议条款即可。同时，该软件也配置了较为详细的用户说明手册，对用户还是挺友好的。

而且该软件支持的格式非常全面，几乎适用大多数场景。

2.1 软件界面示例

打开OCT图像：

视网膜层次分割：

三维可视化：

视网膜厚度分析：

ETDRS分区分析：

更多细节和使用步骤详见用户说明手册

3. AURA tools

AURA tools : AUtomated Retinal Analysis tools，一系列的与OCT影像处理相关的工具集，主要有：

项目主页对该工具的介绍和使用较少，不过提供了可直接下载的链接，有需要的同学可以下载下来试一试。

4. ReLayer

ReLayer: 一个免费且在线的用于眼科OCT影像分析的跨平台工具。目前的分析主要包括视网膜层次分割和厚度分析。如层次分割：

厚度分析：

不过，该软件目前没有提供下载，估计还在后续完善中。更多信息可以查看该软件对应的论文。

5. Livelayer

Livelayer: A Semi-Automatic Software for Segmentation of Layers and Objects in Optical Coherence Tomography Images，一个基于Matlab的半自动的视网膜层次分割软件。目前该论文仅仅发在Arxiv上(2020年3月份)，没有提供网站介绍和下载链接。论文中给出的界面如下：

手动分割界面：

有需要的同学可以关注下这个论文的后续进展。

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参考文献

[1] Mohandass G, Natarajan R. A, Sendilvelan S. Retinal Layer Segmentation in Pathological SD-OCT Images Using Boisterous Obscure Ratio Approach and its Limitation. Biomed Pharmacol J 2017;10(3).