甲基化芯片Beta值意义详解,以及minfi包使用
illumina甲基化芯片计算
illumina的软件(Illumina GenomeStudio软件)自动就把450k芯片的IDAT原始文件转换成了甲基化信号文件,一般是3~8列值每个样本。
使用Illumina的Bead Studio软件和甲基化模块v3.2计算每个CpG靶标的β值。
β值=来自甲基化珠粒类型的强度值/(来自甲基化的强度值+来自未甲基化珠粒类型的强度值+ 100)
。
然后使用p值对数据进行质量过滤。
p值大于0.01的β值被认为低于最小强度,阈值显示为“NA”。
minfi包计算
minfi包的一个函数read.450k.exp也可以直接读取.IDAT文件
平均β=信号B /(信号A +信号B + 100)
通过计算甲基化(信号A)和未甲基化(信号B)等位基因之间的强度比来确定DNA甲基化水平(β值)。
具体地,β值是由甲基化(M对应于信号A)和未甲基化(U对应于信号B)等位基因的强度计算的,荧光信号的比率β= Max(M,0)/ [Max( M,0)+ Max(U,0)+ 100]。
因此,β值的范围从0(完全未甲基化)到1(完全甲基化)
具体的β值的意义是:
- 任何等于或大于0.6的β值都被认为是完全甲基化的。
- 任何等于或小于0.2的β值被认为是完全未甲基化的。
- β值在0.2和0.6之间被认为是部分甲基化的。
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