MMinte：预测微生物群体内代谢物互作

科学问题：我们仍然无法直接确定生态系统的边界、微生物间互作、微生物与环境的互作。

结果：MMinte评估群体中成对物种的代谢物对相对成长速率的影响，判断对其生长的正、负相关效应。

结论：MMinte可使用户看到微生物代谢物间相互关系，找到影响群落稳定、易感、互养等模式下关键features。

背景

基于16S来理解微生物间的互作研究没有报导。群体代谢模型在肠道菌群中研究健康和疾病的探索为本研究提供了理论基础。因此使用代谢模型理解群体动态是大家一直想干而不可得的。

MMinte /minti/ 是一套探索微生物间网络成对互作的流程。基于16S序列数据的相关网络，MMinte鉴定相关的基因组、构建代谢模型、估计特定代谢物下的生长速率、分析成对的互作，获得关系/网络互作类型。

本工具可以提供的更明确的假设，用于进一步探索。

工作原理

流程一共分为7个工具。
1. 输入文件有两个，OTUs间相关和16S序列。程序只挑选在网络中出现的OTUs；
2. 比对序列至参考基因组；
3. 基因ID重构物种代谢模型；
4. 生成两物种间的模型；
5. 生长速率预测；
6. 互作类型；
7. 相关表+互作类型结合的互作网络

OTU网络的互作类型

网络和OTUs互作类型。绿色正相关，红色负相关。

OTU间互作类型

实战

https://github.com/mmundy42/MMinte

安装

pip install mminte
# 虚拟环境
pip install virtualenvwrapper
pip install jupyter

不过存在缺少依赖关系，就没有进一步花时间测试。

评价

文章中描述的功能好像非常强大，但使用起来真心不方便，安装个软件各种依赖关系，又虚拟环境，结果还各种缺东少西。

帮助文档连个图都没有，作者也没有把软件布置制作bioconda方式安装。更没有虚拟机或网站等其它使用方式。

实例教程中连个图片都没有，对于结果如何、以及解读末知。

除非必须做这类分析，否则不建议使用。此软件的文档、从安装到教程都不够简便和直观。

同时欢迎对本软件有使用经验的朋友来宏基因组公众号投稿。metagenome@126.com

Reference

MMinte: an application for predicting metabolic interactions among the microbial species in a community. Mendes-Soares et al. BMC Bioinformatics (2016) 17:343. DOI 10.1186/s12859-016-1230-3

写在后面

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